Question

我有一个脚本可以对FASTA序列进行排序，按字母顺序排列后面的字符串＆gt;。以下是使用单个输入文件35.fas。

的代码示例

@INC

fasta文件示例：

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

records = list(SeqIO.parse("35.fas", "fasta"))
records.sort(key=lambda x : x.id)
SeqIO.write(records, "35-sorted.fas", "fasta")

正确输出：

>BAR
ATCG
>ABC
TCGA

所以，我想为数百个文件尝试这个并尝试'sys.argv'但是无法这样做。我不希望每个文件都有不同的输出名称* -sorted。只想运行脚本并对扩展名为.fas的文件夹中的所有文件进行排序。这里的代码不起作用：

>ABC
TCGA
>BAR
ATCG

Answer 1

您可能错误地使用了sys.argv，它是所有命令行参数的数组，第一个是正在运行的文件，例如，请查看以下内容：

import sys
for f in sys.argv:
    print(f)

当您将文件a.txt，b.txt和c.txt拖到脚本上时，它将打印以下内容（...是省略完整路径）：

... / A.TXT

... / b.txt

... / c.txt

您可以在脚本中将其实现为：

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

for f in sys.argv[1:]:
    records = list(SeqIO.parse(f, "fasta"))
    records.sort(key=lambda x : x.id)
    SeqIO.write(records, f[:-4] + "-sorted.fas", "fasta")

Answer 2

使用sys.argv循环迭代for中的所有文件名（您应该省略第一个条目，即程序名称）相当容易。然后，您将面临生成输出文件名的问题。我为了论证而假设所有文件名都以'.fas'结尾。如果情况并非如此，那么字符串操作会有点诡计，但不会太糟糕。

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

for filename in sys.argv[1:]:
    records = list(SeqIO.parse(filename, "fasta"))
    records.sort(key=lambda x : x.id)
    outname = filename[:-4]+'-sorted.fas'
    SeqIO.write(records, outname, "fasta")

假设这个程序被称为myprog.py（并且您不在Windows上，可能需要使用glob.glob函数扩展通配符名称），那么您可以将其称为< / p>

python myprog.py *.fas

如何为许多文件运行python脚本？

2 个答案: