Question

我在R中有以下代码。

library(biomaRt)

snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp")
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start", 
"associated_gene", "ensembl_gene_stable_id", "minor_allele_freq")

getENSG <- function(rs, mart = snp_mart) {
results <- getBM(attributes = snp_attributes,
               filters    = "snp_filter", values = rs, mart = mart)
return(results)
}

getENSG("rs144864312")

    refsnp_id chr_name chrom_start associated_gene ensembl_gene_stable_id
1 rs144864312        8    20254959              NA        ENSG00000061337
    minor_allele_freq
1       0.000399361

我没有生物学背景所以如果这是一个明显的问题，请原谅我。我被告知rs144864312应该与基因名称相匹配＆＃34; LZTS1＆＃34;。上面的代码我主要来自互联网。我的问题是我从哪里提取基因名称？我得到listAttributes（snp_mart）给出了所有可能输出的列表，但是我没有看到任何给我上述基因名称＆＃34;。我从哪里提取这个基因名称使用biomart（并给出rs号）？提前谢谢。

PS：我需要为500个条目（不仅仅是1个）这样做。因此，为什么我创建了一个简单的函数来提取基因名称。

Answer 1

首先，我认为您的问题会在https://www.biostars.org/

上引起更多专业关注

据说，据我所知，现在你有了ensembl ID（ENSG00000061337），你距离获得基因名称只有一步之遥。如果你google＆＃34;如何将ensembl ID转换为基因名称＆＃34;你会发现很多方法。在这里，我列出了几个选项：

使用：https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp
在ensemble下使用biomart：http://www.ensembl.org/biomart/martview/1cb4c119ae91cb34b2cd5280be0a1aac
下载包含基因名称和ensembl ID的表格，并自定义您的查询。您可能希望从UCSC Genome Browser下载它，以下是一些说明：https://www.biostars.org/p/92939/

R中的Biomart将rssnp转换为基因名称

1 个答案: