Gromacs：.ene扩展名无法识别

Question

我是Gromacs的新手（和蛋白质分析编码一般，但对基于python的代码有一些经验）。我正在尝试将从pyDock接收的.ene文件转换为更易读的格式（它当前打开

当我尝试使用不同的命令时，gromacs指南会接受.ene文件（gmx eneconv和gmx dump），例如

gmx eneconv -f project.ene -o converted.edr

和

gmx dump -e project.ene -om read.mdp

我收到错误

File 'project.ene' cannot be used by GROMACS because it does not have a recognizable extension.
The following extensions are possible for this option:
  .edr

我更新了操作系统并重新安装了gromacs。我的安装工作正在按照“使用入门”页面进行。

我也欢迎其他程序打开并阅读.ene文件类型的建议。

谢谢！

Answer 1

“ ene”是“ energy”的缩写，它包含能量，温度，体积等的二进制数据，仅在旧版本的Gromacs中使用。在新版本的Gromacs中，该文件被包含可移植二进制数据的“ edr”文件代替。参见“ gmx dump -h”，您将发现以下几行：

Options to specify output files:

 -o      [<.edr>]           (fixed.edr)
           Energy file

如果坚持使用ene文件，则应安装较旧版本的Gromacs。