Question

我想使用NetworkX创建图形，使用Graphviz（通过pygraphviz）布局图形。我已经成功运行了NetworkX pygraphviz examples documentation

中的所有示例

我的问题是 - 如何将顶点的坐标（x，y）和尺寸（宽度，高度）返回到NetworkX图形中。这就是目标。我只想要Graphviz＆＃39;布局功能，而不是绘图功能。这可能使用这个堆栈（NetworkX，pygraphviz，graphviz）？还有别的吗？

背景动机是这样的。 Graphviz输出png，或ps，或svg以及许多其他格式。但我不想受到Graphviz处理格式的限制。而且我希望能够对布局结果进行后期处理如果我最终输出流行的格式，如Graphviz支持。

更新：为了清晰起见，我重写了这个问题。关于Graphviz输出格式的建议忽略了这一点。这是我需要的布局数据

Update2 ：一个建议是以某种格式制作Graphviz输出，然后我可以从中解析布局数据。建议是SVG。我曾考虑过这种可能性。 Graphviz输出json（根据Graphviz output formats documentation page）。我没能在我的Windows安装上工作 - 由于某些原因并不是所有的输出格式都存在。然而，这种方法让我感到不安。解析用于创建该输出的数据的格式化输出似乎是向后的。我想，数据本身应该已经可用。

更新3 - 有一个类似的问题 - How to get the coordinates from layout from graphviz?。其中一个答案建议使用NetworkX。然而，答案使用的是NetworkX而不是Graphviz的布局。答案的作者不知道如何获取Graphviz布局数据。所以我的问题仍然有用，但尚未得到解答

Answer 1

迈克尔，我重新阅读了你的问题和评论，以及我知道工作的工具（我知道如何使用），这就是我所做的。我会在DOT / GraphViz中绘制你的图表，然后选择一个人类可读且易于解析的格式，如SVG，＆＃34; plain＆＃34;，甚至是x-dot。为什么？不要获得图表本身 - 其中一些甚至不能实现图形 - 但因为这些格式人类可读并且包含不同绘图组件的X-Y坐标。您可以根据自己的目的使用这些坐标和尺寸。我刚刚做的一个简单图表中的一些剪辑应该说明。 SVG首先

<svg width="89pt" height="188pt"

<g id="node1" class="node"><title>A</title>
<ellipse fill="none" stroke="black" cx="54" cy="-162" rx="27" ry="18"/>
<text text-anchor="middle" x="54" y="-158.3" font-family="Times New Roman,serif" font-size="14.00">A</text>

或者＆＃34; plain＆＃34;格式，也许最简单的解析：

graph 1 0.75 1.5
node A 0.375 1.25 0.75 0.5 A solid ellipse black lightgrey
node B 0.375 0.25 0.75 0.5 B solid ellipse black lightgrey
edge A B 4 0.375 0.99579 0.375 0.88865 0.375 0.7599 0.375 0.64045 solid black
stop

或类似html的VML：

<v:oval style="position:absolute; left: 0.00; top: 0.00; width: 54.00; height: 36.00" filled="false"  >

等等......不难想象解析出各种元素的所有X-Y并按照你认为合适的方式重新定位它们。

Answer 2

PyGraphviz没有用于检索和设置布局信息的API，例如节点形状，边缘路由等。我不知道Graphviz C库的那些部分有任何Python接口。 Graphviz本身确实提供了一个Python界面，包括渲染器，但我不认为它完全符合您的要求 - 请参阅http://www.graphviz.org/pdf/gv.3python.pdf。

最简单的方法可能确实是通过@JHL建议生成SVG。

Answer 3

关于更新4

现在仍然是2019年，但这完全可以满足我的需求

import networkx as nx
G = nx.complete_graph(10)
pos = nx.drawing.nx_agraph.graphviz_layout(G, prog='dot')
print(pos)

给我

{0: (327.0, 666.0), 1: (504.0, 594.0), 2: (327.0, 522.0), 3: (449.0, 450.0), 4: (283.0, 378.0), 5: (283.0, 306.0), 6: (473.0, 234.0), 7: (287.0, 162.0), 8: (418.0, 90.0), 9: (287.0, 18.0)}

节点和位置的字典！

问候 dom

Answer 4

这是另一种解决方案。它与Dominik Kummer的不同之处在于它公开了pygraphviz.AGraph对象，从而可以指定任意的gaphviz属性以自定义布局。

import networkx as nx
import pygraphviz as pgv

g = nx.complete_graph(10)
ag = nx.drawing.nx_agraph.to_agraph(g)
ag.layout(prog='dot')
layout = [ag.get_node(n).attr['pos'] for n in ag.nodes()]
layout = [[int(ss) for ss in s.split(",")] for s in layout]
print(layout)

给我

[[327, 666], [504, 594], [327, 522], [449, 450], [283, 378], [283, 306], [473, 234], [287, 162], [418, 90], [287, 18]]

使用python，networkx，pygraphviz获取图顶点的布局坐标

4 个答案: