phyloseq逐步前进选择

时间:2017-07-18 12:20:34

标签: r environment-variables rda phyloseq

我正在处理多变量数据,试图将土壤细菌多样性(通过变量条码获得)与环境因素联系起来,以了解哪些因素可以解释细菌多样性的最大变异。我使用phyloseq包进行大部分分析。我设法通过例如编码不同类型的排序。

ps.rda <- ordinate(ps, formula = ps ~ ., method = "RDA")

但是,我想通过逐步选择重要的环境变量来做RDA。 (与ordistep()包中的vegan函数一样)。 你知道在phyloseq包中编码的方法吗? 非常感谢任何建议。

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