我试图通过弗里德曼测试(agricolae包)进行阻塞,重复测量ANOVA。但是,我一直得到同样的错误,我不明白这意味着什么。
这是代码:
out<-with(nh3,friedman(season,datecode,meannh3, alpha = 0.05, group=TRUE,main=NULL,console=TRUE))
我的数据形状如下:
class(nh3$meannh3): numeric
class(nh3$season): factor
class(nh3$datecode): factor
我的治疗是季节,他们应该被日期代码阻止。 meannh3是感兴趣的变量。日期不是独立的,这就是他们被封锁的原因。虽然季节性差异是我有兴趣看到的,但这就是治疗的原因。感兴趣的变量是NH3的浓度。
这是我得到的错误:
out<-with(nh3,friedman(season,datecode,meannh3, alpha = 0.05, group=TRUE,main=NULL,console=TRUE)) Study: meannh3 ~ season + datecode datecode, Sum of the ranks meannh3 r 1 11.0 3 10 10.5 3 11 15.0 3 13 11.0 3 14 11.0 3 2 17.0 3 3 17.0 3 4 17.0 8 5 12.5 1 6 13.5 3 7 14.5 3 8 15.5 3 9 16.5 3 Friedman's Test =============== Adjusted for ties Value: 2.718615 Pvalue chisq : 0.9972256 F value : 0.1277461 Pvalue F: 0.9996747 0.9998106 NaN Alpha : 0.05 t-Student : 2.178813 LSD : 22.04983 Means with the same letter are not significantly different. GroupTreatment and Sum of the ranks a 2 17 a 3 17 a 4 17 a 9 16.5 a 8 15.5 a 11 15 a 7 14.5 a 6 13.5 a 5 12.5 a 1 11 a 13 11 a 14 11 a 10 10.5 Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = value) : invalid 'row.names' length In addition: Warning message: In pf(T2.aj, ntr - 1, (ntr - 1) * (nr - 1)) : NaNs produced
这是什么意思?我已经找到了这个特定的错误,我想出了任何有意义的东西,与弗里德曼测试无关。上面吐出的研究方程是正确的......所以,我不明白。
我查看过这个页面(friedman agricolae returning errors),但没有帮助。
答案 0 :(得分:1)
这种分析证明太难了 - 数据形状不正确,需要在Friedman(agricolae)测试的矩阵中。
我最终使用重复测量方差分析,排列如下:
模型&lt; -aovp(nh4~ season * year + Error(daysinceiceon / season),data = df) 摘要(模型) posthoc.kruskal.nemenyi.test(nh4~ season,data = df)
aovp是lmPerm包的一部分。我知道这有点过时,所以如果有人有更新的,支持的排列方差分析,请告诉我。
在这里,我的零假设是季节,年份或季节*年和季节之间没有差异,因此重复测量。
然后,如果发现季节之间存在显着差异,我会继续进行posthoc测试(posthoc.kruskal.nemenyi.test)以了解季节性差异。在撰写这些结果时,我需要指出有时候,季节*年的互动也很重要。