Question

我将我的Ubuntu 16.04机器更新为R 3.4.1。当安装第一个非必需的包（例如，lubridate）时，我收到了消息：

你想创建一个个人图书馆＆＃39; null＆＃39;将软件包安装到？

在RStudio和命令行R中都发生了这种情况。我卸载了r-base-core＆amp;通过apt-get重新安装r-base和r-base-dev，但仍然遇到问题。

我注意到/etc/R/目录包含四个在安装过程中暂时存在的短暂文件，但在apt-get install r-base r-base-dev完成时已消失。我重新安装，以便快速抓取并粘贴这些文件到桌面。重新安装后，我将它们复制到/etc/R/中：

~/Desktop/temp$ sudo cp repositories.dpkg-new /etc/R/repositories
~/Desktop/temp$ sudo cp Rprofile.site.dpkg-new /etc/R/Rprofile.site
~/Desktop/temp$ sudo cp ldpaths.dpkg-new /etc/R/ldpaths
~/Desktop/temp$ sudo cp Makeconf.dpkg-new /etc/R/Makeconf

第二步是取消注释下面的第二步，如/etc/R/Renviron中所示。显然，这是@ dirk-eddelbuettel最近对r-base包装的改变。

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'}

我有一个由两部分组成的问题：

上面的过程是推荐的，还是我应该做些不同的事情？（例如，沿着Setting R_LIBS & avoiding "Would you like to use a personal library instead?"。）
此机器上的未来R升级可能需要这两个步骤吗？

Answer 1

你很亲密。问题在于“注释掉”这些行，而不检查兼容性。如果您尝试在REPL中手动安装库，则会出现同样的问题，例如使用：

install.packages("survival")

区别在于您收到“NA”错误而不是“null”。

未来R升级的解决方案，如果您想要最小的麻烦：

将/ etc / R / Renviron恢复为默认包，这样下次升级时它不会要求您输入（或只是被覆盖）
在您的主目录中添加一个Renviron，例如$HOME/.Renviron，其中包含以下内容：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/3.4.1/"

就个人而言，每次R升级时，我都会使用新版本重新安装所有库。因此，我将使用3.4.1或我的新版本修改3.4.2，然后重新安装库。

如果您不想重新安装库，可以尝试完全删除版本子目录，例如：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/

以便R立即看到您的旧图书馆。

注意：遗憾的是，我无法找到将R版本放入Renviron的方法，但这可以使用.Rprofile来实现（因为它可以包含R代码）。

Answer 2

在您的计算机上，您当前的库以R版本命名。

例如，我目前的lib是：

.libPaths()
[1] "/home/colin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3"

因为我目前的R版本是3.3。

所以是的，每次你更新R时，你都会遇到这个lib问题。请注意，您可以使用.libPaths(new = "path/to/your/lib")设置旧库的路径，也可以将旧库复制并粘贴到新库中。

科林

Answer 3

我发现对我来说最合适的解决方案是编辑/etc/R/Renviron.site：

# nano /etc/R/Renviron

取消注释设置R_LIBS_USER环境变量的行。

Etvoilà！

我可以在R中再次使用library()，require()和install.packages()。

默认R个人库位置为空

3 个答案: