如何组织使用存储在R包的R /目录中的函数的R脚本

Question

我有以下包结构：

mypackage/
|-- .Rbuildignore
|-- .gitignore
|-- DESCRIPTION
|-- NAMESPACE
|-- inst
  |-- extdata
    |-- mydata.csv
|-- vignettes
|-- R
  |-- utils.R
`-- mypackage.Rproj

目前我将所有功能存储在R/目录中。我的问题是 我应该在哪里放置脚本（例如名为try_functions.R）来尝试存储在R /中的函数，即脚本。它还使用存储在inst/extdata/

中的数据

在使用RStudio的开发过程中，我们在R/中添加和修复功能后，工作流程就像更新和试用包那样。

Answer 1

听起来像testthat就是你正在寻找的包裹。通过“尝试”，我认为你的意思是“测试”，并且testthat包规范的方式是在包的tests/testthat目录内。

哈德利的“高级R”一书有关于最佳实践的很多优点more information，你可以通过查看github找到许多好的例子。

文档中的一些摘录：

  

测试是软件包开发的重要组成部分。它确保你的   代码完成了你想要它做的事情。然而，测试增加了额外的   进入您的开发工作流程。本章的目标是展示   你如何通过正式的方式使这项任务更容易，更有效   使用testthat包进行自动化测试。

并实施：

  

要设置程序包以使用testthat，请运行：

     

devtools::use_testthat()

     

这将：

     

  

1. 创建一个tests / testthat目录。

  

2. 将测试添加到DESCRIPTION中的Suggests字段。

  

3. 创建一个文件tests / testthat.R，它在R CMD时运行所有测试   检查运行。 （您将在自动检查中了解更多相关信息。）

  

您也可以查看rprojroot包以引用包目录中的各个位置。

Answer 2

保留任意R脚本的规范位置是inst/子目录。
请注意，在测试程序包功能时，最好将其放在tests/子目录中。非测试（至少对程序包进行测试）的宽松脚本应放在inst/中。这些可以是用于检查部署环境的测试脚本，用于检查生产数据质量的测试，可以插入crontab的exec脚本，无论是什么使您的程序包付诸实践。

引用Writing R Extensions手册“包子目录” ：

  

inst子目录的内容将递归复制到安装目录。 inst的子目录不应干扰R使用的子目录（当前为R，data，demo，exec，libs，{{ 1}}，man，help和html，以及更早的版本使用Meta，latex）。 R-ex的复制是在构建inst之后进行的，因此其Makefile可以创建要安装的文件。要排除安装文件，可以在顶级源目录的文件src中指定排除模式列表。这些模式应为类似于Perl的正则表达式（有关详细信息，请参见R中的regexp帮助），每行一个，以不区分大小写的方式与文件和目录路径进行匹配，例如.Rinstignore将根据扩展名排除doc/.*[.]png$中的所有PNG文件。