我尝试创建一个bash脚本,根据文件类型循环遍历一组文件,然后使用文件名创建一个目录,然后通过javascript运行该文件,并将其输出到创建目录。
#!/bin/bash
FILES=/home/ndevon/BRAD/Original_Files/*60_R1.fastq.gz
for f in $FILES
do
echo mkdir $f
echo nohup /home/pszoevenyi/executables/FastQC/./fastqc [-t 2] [-o $f] [-
f fastq] $f &
done
然而,当我运行时,一切似乎都正常,但没有输出。我已经使用ps x检查了活动作业,它告诉我队列中有-bash命令类型,但它具有Ss状态。我是unix和bash的新手,我实际上是从今天开始的,但我无法弄清楚为什么这不起作用。
由于
答案 0 :(得分:0)
你不需要回声"你运行的每个命令。只需在没有回声的情况下运行它就可以看到输出。
你有没有试过呢?
答案 1 :(得分:0)
如果你没有看到任何输出,那意味着你的循环根本没有被执行。也许没有/home/ndevon/BRAD/Original_Files/*60_R1.fastq.gz
个文件,所以简单地跳过循环而没有任何回音或错误消息。