WGCNA总是要求特质数据？

Question

我进行了RNA-seq分析，并且我计划用WGCNA进行分析，我已经看过几篇有特征数据的论文，但我有一个很大的RNA-seq采样但很少有特征数据。我想知道WGCNA是否只对表达数据有效并且不包括任何特征数据。

由于

Answer 1

是的，WGCNA绝对可以在没有相应特征数据的情况下使用。实际上，在网络构建之后使用特征数据（将模块与可能的功能方面联系起来）是一个单独的步骤。

您也不必专门将模块与特征数据联系起来。您还可以根据基因组富集分析等来定义模块。