R:igraph和RAM使用中的bipartie投影

时间:2017-05-16 16:20:56

标签: r igraph ram projection

我尝试在R(igraph库)中制作bipartie.projection。当我尝试在大于4mb的网络上进行投影时,R进程占用了我所有的内存(和SWAP),然后终止。我有15 GB的RAM。我尝试从konect加载维基百科网络,只有这样:http://konect.uni-koblenz.de/networks/edit-frwikinews正在运行。我的加载代码如下:

library(igraph)
nodesSet1 = unique(as.integer(as.character(out$`%`)))
nodesSet2 = unique(as.integer(as.character(out$bip)))

g <- graph.empty()
g <- add.vertices(g,nv=length(nodesSet1),attr=list(name=paste0('A',nodesSet1),
                                                   type=rep(TRUE,length(nodesSet1))))
g <- add.vertices(g,nv=length(nodesSet2),attr=list(name=paste0('B',nodesSet2),
                                                   type=rep(FALSE,length(nodesSet2))))

edgeListVec <- as.vector(t(as.matrix(data.frame(S1=paste0('A',out$`%`),
                             S2=paste0('B',out$bip)))))

g <- add.edges(g,edgeListVec)
kk <- bipartite_projection(g)

我做错了吗?如果没有,我如何计算所需的内存使用量?或许我应该以另一种方式计算这个? 谢谢你的帮助。

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