1进程中的Nextflow错误会停止所有其他进程

时间:2017-04-25 09:56:59

标签: linux workflow nextflow

当我使用nextflow提交作业时,其中一个进程失败,文件已损坏。显然我可以从作业列表中删除该文件,但我不希望将来在扩展它时发生这种情况。默认情况下,这会阻止所有其他进程(9)运行,并且下一个流作业完成。

如何阻止这个失败的工作影响其他人?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

我在这里的文档(https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#errorstrategy)中进行了一些挖掘后找到了答案。我需要添加errorStrategy'完成'到我的过程

process ignoreAnyError {
    errorStrategy 'finish'
    script:
    <your command string here>
}