我在Ubuntu OS上安装一些R软件包时遇到问题。我已经在各种博客和SO答案中尝试了许多建议的解决方案,但问题仍然存在。
安装软件包的默认位置是'lib = "/usr/lib/R/library"'
使用命令
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite('affycoretools')
失败,因为'lib = "/usr/lib/R/library"'
对我来说不是一个可写的位置(注意我确实有sudo访问权限)。因此,我希望将这些软件包安装到可写的位置:
lib='/home/b3053674/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2'
所以我尝试的第一件事就是:
biocLite('affycoretools,lib=lib)
这似乎有效但现在:
library(affycoretools)
#try specifying location
library(affycoretools,lib=lib)
#try alternative keyword - just in case
library(affycoretools,lib.loc=lib)
全部以there is no package called ‘affycoretools’
失败。
然后我尝试了这个answer,这表明我创建了一个R_LIBS_USER
变量。因此,我使用export R_LIBS_USER="/home/b3053674/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
并再次尝试,但这似乎完全没有。我还尝试将此变量放在名为.Renviron
的主目录中的文件中,该文件也不执行任何操作。我尝试过将新的库路径提供给R_LIBS
环境变量,但是没有尝试。我还尝试了一些关于.libPaths()
和.Library
函数/变量的其他解决方案,但没有尝试...
我猜这种类型的配置对于认识R的人来说是相当常规的,但我尝试的一切似乎都失败了所以我的问题是:任何人都可以给我准确而明确的指示,为我设置一个替代的可写库在Ubuntu 16.04.1
操作系统中的R中的bioconductor包?