Question

我可以用含有模式＆＃34;基因＆＃34;以及接下来的2个连续行，使用文本文件中的以下shell命令。

grep -A 2 ' gene' file

输出：

     gene            1..1515
                     /locus_tag="MSMEI_RS00005"
                     /old_locus_tag="MSMEI_0001"
     gene            2109..3302
                     /locus_tag="MSMEI_RS00010"
                     /old_locus_tag="MSMEI_0003"

现在我的目标是使用像

这样的标签打印连续的行

gene            1..1515           /locus_tag="MSMEI_RS00005"   /old_locus_tag="MSMEI_0003"  
gene            2109..3302        /locus_tag="MSMEI_RS00010"   /old_locus_tag="MSMEI_0003"

如何在shell中使用相同的grep命令执行此操作？

Answer 1

您不需要grep，Awk可以使用其getline()函数执行此操作以获取接下来的两行，

awk 'BEGIN{OFS="\t"}/gene/{getline n1; getline n2; print $0, n1,n2}' file

（或）如果您对前导空格感到困扰，请使用gsub()函数删除它们，

awk 'BEGIN{OFS="\t"}/gene/{gsub(/^[[:space:]]+/,"",$0); getline n1; getline n2; print $0, n1,n2}' file

Answer 2

使用sed：

sed -nEe '/^     gene/{N;N;s/\n */\t/g;p}' file

/ gene/适用于匹配该模式的行，然后我们读取两个N分机符号，s取代换行符，并跟随带标签的空格，然后p rint。

你如何grep文件并使用选项卡获得接下来的2行？

2 个答案: