我使用网络分析仪核心应用程序获取Cytoscape上无向网络的基本参数。所有参数都得到满意的测量，如每个节点的度数，中心度量，网络直径等。但是，每个节点的聚类系数为0.0，网络的整体聚类效率计算为0.0 。我接下来要将我的网络与随机网络进行比较，网络系统效率是我想要比较的一个关键指标，以证明我的网络是一个无标度网络。可能出现什么问题。我的网络中有361个节点和695个边缘。任何想法都赞赏
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已在cytoscape-helpdesk上回答，但为了完整起见，我在此重复了一遍......
嗨Rahul， 1）因此，对于361个节点和695个边缘，网络的平均度数为2.这肯定会导致集群系数为0.0，因为该度量取决于节点的邻居连接的程度。寻找具有良好连接邻居的节点，并查看这些节点的聚类系数。
2）首先，要明白将网络与单个随机网络进行比较不会产生p值（如果确实如此，那么它实际上毫无价值）。您需要生成随机网络的分布，然后将您的网络与分布进行比较，以查看您是否在分布之外。请看看Tosadori等人，2016年讨论网络随机发生器与cytoscape的使用。
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