Question

我有一个包含多个子文件夹的主目录。每个子文件夹都包含一个* .fna文件，我希望我的脚本使用fna文件执行命令，并将输出写回子文件夹。正如我的脚本现在，它在主目录中生成一个大文件，但我希望每个子文件夹中的每个子文件夹的输出。

find * |grep fna$ |while read fna ; do formatdb -i $fna -p F ; blastall -p blastn/ 
-d $fna -i plasmiddb_genes_renamed.fsa -m 8 -e 1E-30 |while read hit ; do echo/
$fna $hit ; done ; done > $fna.blast_plasmidrefdb.out

Answer 1

几种方式

捕获 $ fna 值的dirname

在阅读fna时找到* | grep fna $ |; fdir = dirname $fna; formatdb -i $ fna -p F; blastall -p blastn / -d $ fna -i plasmiddb_genes_renamed.fsa -m 8 -e 1E-30 | while read hit;回声/ $ fna $ hit | tee $ {fdir} /out.txt ;完成完成＆gt; $ fna.blast_plasmidrefdb.out
使用带有后缀的 $ fna 路径：例如$ {} FNA .OUT

在阅读fna时找到* | grep fna $ |;做formatdb -i $ fna -p F; blastall -p blastn / -d $ fna -i plasmiddb_genes_renamed.fsa -m 8 -e 1E-30 | while read hit;回声/ $ fna $点击 | tee $ {fna} .out ;完成完成＆gt; $ fna.blast_plasmidrefdb.out

使用了| tee，以防你还想在一个文件中捕获。

压缩one liner甚至更多

for fna in $（find。-type f -name＆＃34; * .fna＆＃34;）;做formatdb -i $ fna -p F; blastall -p blastn / -d $ fna -i plasmiddb_genes_renamed.fsa -m 8 -e 1E-30 | tee $ {fna} .out;完成

Answer 2

如果find支持，请使用-execdir：

find . -name '*.fna' -execdir sh -c '{ 
    formatdb -i $0 -p F; blastall -p blastn -d $0 \
        -i /path/to/plasmiddb_genes_renaed.fsa -m 8 -e 1E-30; 
    } > $0.output' {} \;

这将为包含* .fna文件的目录中的每个* .fna文件生成一个输出文件。请注意，您需要使用plasmiddb_genes_renaed.fsa的完整路径。

Shell命令在使用find后保存子文件夹中的输出？

2 个答案: