Question

好吧，我有几个文件，我很难用awk加入它们。以下是三个示例文件：

FILEA

2   2   31771   15  5327353     4.73E-04    1   1
2   2   40642   23  27428869    -8.29E-04   1   1
2   2   21517   7   89002990    -2.41E-04   1   1
2   2   33787   16  44955568     2.86E-05   1   1

FileB

2   2   31771   15  5327353     5.07E-04    1   1
2   2   40642   23  27428869    5.45E-04    1   1
2   2   21517   7   89002990    1.85E-04    1   1
2   2   33787   16  44955568    3.73E-04    1   1

FileC

2   2   31771   15  5327353     4.28E-04    1   1
2   2   40642   23  27428869    -7.55E-04   1   1
2   2   21517   7   89002990    -2.01E-04   1   1
2   2   33787   16  44955568    3.09E-05    1   1

每个文件有8列，但我不需要第1,2,7和8列。第3列，第4列和第5列对所有文件都是通用的，这些文件可能是用于连接文件的参考列，第6列将是每个文件的不同信息。一般来说，我的最终文件看起来像这样：

Finalfile

31771   15  5327353     4.73E-04    5.07E-04    4.28E-04
40642   23  27428869    -8.29E-04   5.45E-04    -7.55E-04
21517   7   89002990    -2.41E-04   1.85E-04    -2.01E-04
33787   16  44955568    2.86E-05    3.73E-04    3.09E-05

我尝试了以下命令：

awk 'NR==FNR{a[$3]=$6;next}{print $3"\t"$4"\t"$5"\t"$6"\t"a[$3]}' FileA FileB FileC > Finalfile

但不幸的是它只适用于两个文件，我得到这样的东西：

2   2   31771   15  5327353     4.73E-04    5.07E-04
2   2   40642   23  27428869    -8.29E-04   5.45E-04
2   2   21517   7   89002990    -2.41E-04   1.85E-04
2   2   33787   16  44955568    2.86E-05    3.73E-04

有人可以帮忙吗？请记住，有多个文件（10），而不仅仅是三个。非常感谢你！

Answer 1

尝试一下：

awk '{a[$3FS$4FS$5]=a[$3FS$4FS$5]""$6FS}END{for (i in a){print i, a[i]}}' file*

clean 版本（感谢@ james-brown）：

awk '{ a[$3 OFS $4 OFS $5 FS] = a[$3 OFS $4 OFS $5 FS] ( a[$3 OFS $4 OFS $5 FS] == "" ? "" : OFS) $6 }
     END{ for (i in a){print i,a[i]} }' OFS="\t"  file*

<强>输出

33787   16  44955568    2.86E-05    3.73E-04    3.09E-05
21517   7   89002990    -2.41E-04   1.85E-04    -2.01E-04
40642   23  27428869    -8.29E-04   5.45E-04    -7.55E-04
31771   15  5327353     4.73E-04    5.07E-04    4.28E-04

Answer 2

粘贴 + awk 方法（＆＃34;漂亮＆＃34;输出）：

paste fileA fileB fileC | awk '{print $3,$4,$5,$6,$14,$22}' | column -tx

输出：

31771  15  5327353   4.73E-04   5.07E-04  4.28E-04
40642  23  27428869  -8.29E-04  5.45E-04  -7.55E-04
21517  7   89002990  -2.41E-04  1.85E-04  -2.01E-04
33787  16  44955568  2.86E-05   3.73E-04  3.09E-05

如何通过awk加入多个文件

2 个答案: