Question

所以我有代码完成了对成像数据的分析。此代码工作正常，但数据未输出到正确的文件夹。相反，它输出的文件夹太高了。从长远来看，这显然是我想要解决的问题，但由于我在一定的时间限制下，我想在我的脚本中输入代码，只需将文件移动到我创建的正确文件夹/目录中。我已经尝试过mv和shutil命令，但它们似乎不起作用。如果有人建议如何修复/改进我将这些文件移动到正确位置的方法，我将不胜感激。如果有人建议将文件输出到错误的目录，那将是非常棒的。我对编码比较新，没有专家所以请原谅任何明显的错误。谢谢。

这是我设置目录的地方

subject_dir = os.getcwd()
dti_dir = os.path.abspath( os.path.join(subject_dir, 'dti'))
dti_input_dir = os.path.abspath( os.path.join(dti_dir, 'input'))

这是我输入一些快捷方式的地方

eddy_prefix    = 'eddy'
input_path      = dti_input_dir
output_prefix   = 'dtifit'
output_path     = '../dti/dtifit'
output_basename = os.path.abspath(os.path.join(dti_dir, output_path))
infinite_path = os.path.join(os.getenv('INFINITE_PATH'), 'infinite')
dti30 = 'dti30.nii.gz'
dti30_brain = 'bet.b0.dti30.nii.gz'
dti30_mask = 'bet.b0.dti30_mask.nii.gz'

这是我运行测试的地方。

正在运行测试，但是我的数据在dti_dir中被淘汰而不是output_basename（这是我的第二个问题）

dti = fsl.DTIFit()
dti.inputs.dwi = os.path.join(input_path, eddy_prefix + '.nii.gz')
dti.inputs.bvecs = os.path.join(input_path, eddy_prefix + '.eddy_rotated_bvecs')
dti.inputs.bvals = os.path.abspath(os.path.join(infinite_path, 'dti30.bval')) 
dti.inputs.base_name = output_basename
dti.inputs.mask = os.path.join(input_path, dti30_mask)
dti.cmdline

如果不存在则创建输出目录。

这样工作正常，目录是在适当的位置创建的。

if not os.path.exists(output_basename):
    os.makedirs(output_basename)

print('DTI Command line')
print(dti.cmdline)

res = dti.run()

exit()

print('DTIFIT Complete!')

在这里我尝试移动文件并收到错误：IOError: [Errno 2] No such file or directory:即使我知道文件存在

src = dti_dir
dst = output_basename

files = os.listdir(src)

for f in files:
    if (f.startswith("dtifit_")):
        shutil.move(f, dst)

Answer 1

您的问题最有可能发生在第一行。您可能希望将其更改为更精确，指向精确目录而不是os.getcwd()。 os.getcwd()将指向进程执行的任何位置，无论你何时开始python运行，它都可以改变。您可能想以某种方式对其进行硬编码。

例如，你可以使用这样的东西来指向文件所在的目录： Find current directory and file's directory

您可以考虑做的另一件事是在最后几行打印dst并查看它是否符合您的预期。您还可以使用PDB来检查该值： https://pymotw.com/2/pdb/

编辑：

您的问题是使用shutil.move()的相对路径。您应该确保路径是绝对的，请参阅此答案以获取更多信息：

stackoverflow.com/a/22230227/7299836

尝试在同一脚本中进行分析后将数据移动到新目录

1 个答案: