尝试创建使用两个参数的脚本来查找字符串中出现的次数

Question

我正在尝试编写一个bash脚本，其中需要来自用户的两个输入，使用第一个作为三个字母的密码子字符串，并使用第二个作为包含有效DNA字符串的文件的路径名（我已经制作并在我的目录中调用了dnafile.txt，并且已经存储了一个DNA字符串）。该脚本应该输出在作为参数2给出的文件中作为参数1给出的密码子的出现次数。我该怎么办？

Answer 1

您可以使用grep的-o标记仅输出匹配项，然后使用wc -l计算它们：

grep -o $1 $2 | wc -l

例如，

$ cat dnafile.txt
aacgtttgtaaccagaac
$ grep -o 'aac' dnafile.txt | wc -l
3