在Python中,我正在使用EggLib。我正在尝试计算VCF文件中找到的每个SNP的Jost D值。
数据
VCF格式的数据为here。数据集很小,有2个种群,每个种群100个个体和6个SNP(均在1号染色体上)。
每个人都被命名为Pp.Ii
,其中p
是其所属的人口索引,i
是个人索引。
代码
我的困难涉及人口结构的规范。这是我的试用
### Read the vcf file ###
vcf = egglib.io.VcfParser("MyData.vcf")
### Create the `Structure` object ###
# Dictionary for a given cluster. There is only one cluster.
dcluster = {}
# Loop through each population
for popIndex in [0,1]:
# dictionnary for a given population. There are two populations
dpop = {}
# Loop through each individual
for IndIndex in range(popIndex * 100,(popIndex + 1) * 100):
# A single list to define an individual
dpop[IndIndex] = [IndIndex*2, IndIndex*2 + 1]
dcluster[popIndex] = dpop
struct = {0: dcluster}
### Define the population structure ###
Structure = egglib.stats.make_structure(struct, None)
### Configurate the 'ComputeStats' object ###
cs = egglib.stats.ComputeStats()
cs.configure(only_diallelic=False)
cs.add_stats('Dj') # Jost's D
### Isolate a SNP ###
vcf.next()
site = egglib.stats.site_from_vcf(vcf)
### Calculate Jost's D ###
cs.process_site(site, struct=Structure)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Library/Python/2.7/site-packages/egglib/stats/_cstats.py", line 431, in process_site
self._frq.process_site(site, struct=struct)
File "/Library/Python/2.7/site-packages/egglib/stats/_freq.py", line 159, in process_site
if sum(struct) != site._obj.get_ning(): raise ValueError, 'invalid structure (sample size is required to match)'
ValueError: invalid structure (sample size is required to match)
文档显示here
[Structure对象]是一个包含两个项目的元组,每个项目都是一个dict。第一个代表内群,第二个代表外群。
ingroup字典本身就是一个包含更多字典的字典,每个字典对应一个字典。每个群集字典都是一个群体字典,人口本身就是一个字典。人口词典也是个人词典。幸运的是,个人由名单代表。
单个列表包含属于此个人的所有样本的索引。对于单倍体数据,个体将是单项目列表。在其他情况下,所有单个列表都需要具有相同数量的项目(一致的倍性)。请注意,如果倍性不止一个,则没有任何内容强制将给定个体的样本分组到原始数据中。
ingroup字典的键是标识每个簇的标签。在群集字典中,键是填充标签。最后,在人口词典中,键是单独的标签。
第二个字典代表外群。它的结构更简单:它有单独的标签作为键,相应的样本索引列表作为值。 outgroup字典类似于任何ingroup人口字典。倍性需要匹配所有内组和外组个体。
但我没理解它。提供的示例是针对fasta格式的,我不理解将逻辑扩展为VCF格式。
答案 0 :(得分:0)
有两个错误
第一个错误
函数make_structure
返回Structure对象,但不将其保存在stats
中。因此,您必须保存此输出并在函数process_site
中使用它。
Structure = egglib.stats.make_structure(struct, None)
第二次错误
Structure对象必须指定单倍体。因此,将字典创建为
dcluster = {}
for popIndex in [0,1]:
dpop = {}
for IndIndex in range(popIndex * 100,(popIndex + 1) * 100):
dpop[IndIndex] = [IndIndex]
dcluster[popIndex] = dpop
struct = {0: dcluster}