使用UNIX

时间:2017-03-01 17:46:41

标签: string unix cut

我正在尝试使用UNIX从较大的字符串中解析出一部分DNA序列,并且无法确定在未定义深度时如何从较大的字符串中解析出子字符串。举个例子:

AGTCATGTACTACTCCGT的 AAAAAAAA GTCG

AGTCATGTACTACTCGT的 AAAAAAAA GTCG

AGTCATGTACTACTCCCCGT的 AAAAAAAA GTCG

在这三个字符串中,我想拉出A的字符串,但是在每一行深度都会改变,所以我的典型切割路径-c将无法工作,因为深度是变化的。

你有什么建议吗?提前谢谢!

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