在R中使用metaMDS的排序图中的Trajactory

Question

我使用R中的vegan包来使用函数metaMDS执行非度量多维缩放。为此，我使用文件equilibria0.txt，其中列中有101种（第一列代表我的点阵模型中的空站点），行中有500个社区。我使用以下R代码来执行NMDS：

library(vegan)        # perform NMDS
library(cluster)      # calculate dissimilarities in data, silhouette scores, ...
library(RColorBrewer) # better colour options

comm <- read.table("equilibria0.txt")   # communities in rows, species in columns
comm <- comm[,-1]     # delete the first column (the empty sites)
comm <- decostand(comm, method = "total")*100

NMDS <- metaMDS(comm, # our community-by-species matrix
                k=2)  # the number of reduced dimensions
k <- 2                # number of clusters

# introduce some colours for the clusters
lightcolours <- c("darkolivegreen3", "cadetblue3")

# calculate Bray-Curtis distance among samples
comm.bc.dist <- vegdist(comm, method = "bray")
# cluster communities using average-linkage algorithm
comm.bc.clust <- hclust(comm.bc.dist, method = "average")

# k is the number of clusters we want
# every LC is assigned a number from 1 to k
comm.bc.cut <- cutree(comm.bc.clust, k=2)

# set up the plotting area but don't plot anything yet
mds.fig <- ordiplot(NMDS, type = "none")
# plot just the samples, colour by cluster, pch=19 means plot a circle
for (i in 1:k) {
   points(mds.fig,
          "sites",
           pch = 19,
           col = lightcolours[i],
           select = comm.bc.cut == i)
}

图形输出显示系统有两个不同的集群，正如我所料：

现在我有another 30 files，全部与equilibria0.txt相同，但第一行除外。换句话说，在500个当地社区中，499个没有变化，一个（第一行）发生了变化。这是因为我在本地社区进行了一些小的更改，以确定在此更改之后它是否会及时发展到其他群集。所以我想在一个图中得到这30个文件的所有信息，特别是显示如下图所示的轨迹，可以在Gibson et al的论文中找到：

非常具体地说，有一个当地社区（在NMDS平面上的点）感兴趣。如果您从equilibria0.txt转到equilibria1.txt到equilibria2.txt等，它相对于其他坐标的坐标会发生变化，这些数据文件实际上是不同时间步的数据文件。因此，我想绘制这个特定的当地社区的演变，最好是通过如上所述的轨迹线。我假设其他499个点（社区）的坐标不会发生显着变化。