我最近尝试使用breseq来分析一些细菌测序数据。但是，当breseq使用bowtie2将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了致命错误。
这是我得到的错误的关键部分：
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome
[system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive.
Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq
(ERR): bowtie2-align exited with value 1
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Error running command:
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Result code: 256
FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
在运行bowtie2（samtools，转换FASTQ）之前的所有步骤都正常工作。根据错误，这是因为得分最小值函数，其中0为最小得分（--score-min L,0,0.9）。当我将函数更改为bowtie2（0替换为0.1）时，--score-min L,0.1,0.9的命令单独工作。但看起来这部分是在breseq本身编码的（不是吗？）。
关于我的问题的更多细节：
- 运行breseq的命令是：breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- 原始数据类型：MiSeq（150x2）
- bowtie2的版本：2.3.0
- breseq的版本：0.29.0
- 操作系统：Linux 16.04 LTS
- 测试也出现了类似的错误。
这是一个错误还是我错误地使用了它？我将不胜感激任何意见或建议。
答案 0 :(得分：5)
这是对的。此错误是由新bowtie2版本（2.3.0）的更改导致禁止breseq用于调用它的选项引起的。
下一版本的breseq将更新其选项以与新bowtie2兼容。我应该在一两个星期内发布。如果您想从中构建并使用bowtie 2.3.0，则此代码已经检入GitHub存储库。或者，您可以暂时使用版本2.2.9的bowtie2与当前版本的breseq。