如何获取工作目录路径？

Question

我想知道如何在我的Snakefiles中管理路径。说我有这个配置：

current_dir
current_dir/snakefiles
current_dir/configfiles

我以这种方式执行我的工作流程：

current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml

我知道我可以使用全局变量workflow.snakefile获取我的Snakefile的路径，但我也想得到：

• 我的配置文件的路径
• 我正在执行我的snakefile的路径，例如current_dir

如何实现这一目标？ Snakemake中还有其他全局变量，我不知道吗？

谢谢

Answer 1

工作目录是通过Python设置的。您可以使用os.getcwd()获取它。另请注意，有一种规范的方式来组织Snakemake工作流程：http://snakemake.readthedocs.io/en/latest/project_info/faq.html#what-is-the-recommended-way-to-distribute-a-snakemake-workflow。

虽然您当然可以使用其他内容，但遵循此方案可帮助其他人了解您的工作流程。当然可能存在不适合的情况。