如何根据基准测试结果获得曲线或折线图？

Question

我想根据基准测试结果生成漂亮的折线图或曲线。我使用<CssParameter name="fill">4359924</CssParameter> 包来评估函数列表。但是，我打算生成折线图或曲线，其中X轴显示选定的csv文件（两个或三个文件），Y轴显示运行时间。如何根据基准测试结果获得所需的折线图或散点图或曲线图？任何人都可以指出我如何轻松地做到这一点？我怎样才能实现我想要的情节？有什么想法吗？

请注意，我尝试使用rbenchmark包以这种方式生成基准测试结果：

rbenchmark

迷你示例：

重现基准测试结果，这是data.frame：

benchmark(
    s1=myFunc1,
    s2=myFunc2,
    s3=myFunc3,
    ...
    s10=myFunc10,
    order="elapsed", replications=10
)

我得到了这个基准测试结果：

benchResult <- data.frame(
    test=c("s5","s1","s6","s9","s2","s3","s4","s7","s8","s10"),
    replications=c(10,10,10,10,10,10,10,10,10,10),
    elapsed=c(0.10,0.11,0.30,0.32,0.75,0.98,3.43,8.07,13.22,30.48),
    relative=c(1.0,1.1,3.0,3.2,7.5,9.8,34.3,80.7,132.2,304.8),
    user.self=c(0.11,0.03,0.30,0.33,0.75, 0.73,3.36,8.07,13.21,27.70),
    sys.self=c(0.00,0.02,0.00,0.00,0.00,0.09,0.00,0.00,0.00,0.31)
)

如何根据此基准测试结果获得漂亮的折线图或曲线？如何使用 test replications elapsed relative user.self sys.self user.child sys.child 5 s5 10 0.10 1.0 0.11 0.00 NA NA 1 s1 10 0.11 1.1 0.03 0.02 NA NA 6 s6 10 0.30 3.0 0.30 0.00 NA NA 9 s9 10 0.32 3.2 0.33 0.00 NA NA 2 s2 10 0.75 7.5 0.75 0.00 NA NA 3 s3 10 0.98 9.8 0.73 0.09 NA NA 4 s4 10 3.43 34.3 3.36 0.00 NA NA 7 s7 10 8.07 80.7 8.07 0.00 NA NA 8 s8 10 13.22 132.2 13.21 0.00 NA NA 10 s10 10 30.48 304.8 27.70 0.31 NA NA 来实现这一目标？提前谢谢！

Answer 1

答案分为两部分：

1. microbenchmark包中包含autoplot
的ggplot2方法
2. 用于绘制给定benchResult数据框的代码

1。 microbenchmark包

autoplot方法使用ggplot2生成更清晰的微基准时序图。例如，

tm <- microbenchmark::microbenchmark(
  rchisq(100, 0),
  rchisq(100, 1),
  rchisq(100, 2),
  rchisq(100, 3),
  rchisq(100, 5), times=1000L)
ggplot2::autoplot(tm)

创建以下图：

这些图由geom_violin创建。小提琴图是用于显示连续分布的镜像密度图。

编辑根据OP的要求，这里有更多详细信息：

tm是类microbenchmark的对象，数据框包含5000个单基准运行的结果（5个表达式，每个1000个重复）。有关详细信息，请参阅帮助页面?microbenchmark的值部分。

打印此对象时，会给出结果摘要：

print(tm)
#Unit: microseconds
#           expr    min     lq      mean median      uq       max neval
# rchisq(100, 0)  2.266  2.644  3.180188  2.644  3.0210    57.393  1000
# rchisq(100, 1) 16.614 19.257 21.412456 20.012 20.7675    80.048  1000
# rchisq(100, 2)  9.063 12.839 15.289609 14.349 15.8590   151.410  1000
# rchisq(100, 3)  8.307 12.460 16.291712 13.593 15.1040  1449.913  1000
# rchisq(100, 5)  7.929 11.706 26.683478 13.593 16.0475 11920.243  1000

autoplot和print都是为类microbenchmark的对象定义的方法，并且在应用于benchResult等普通数据框时无法按预期工作。

2。 benchResult

的情节

您还可以使用

绘制基准测试结果

library(ggplot2)
ggplot(benchResult, aes(x = forcats::fct_inorder(test), y = elapsed, group = 1)) + 
  geom_line() + 
  xlab("test")

生成此图表：



请注意拨打forcats::fct_inorder()的电话，该电话按照与benchResult$test中显示的值相同的顺序重新排序因子的级别。这是必需的，因为ggplot2使用离散变量的因子，并且水平的默认顺序是按字母顺序排列的，这将按照顺序s1，s10，s2，s3，...沿x轴绘制测试。