我有一个数据框so
:
>head(so)
tri trans freq sample
1 ACA C=>T 13 S1
2 ACC C=>T 9 S1
3 ACG C=>T 6 S1
4 ACT C=>T 14 S1
5 CCA C=>T 24 S1
6 CCC C=>T 16 S1
>tail(so)
tri trans freq sample
59 GGG G=>A 18 S2
60 GGT G=>A 6 S2
61 TGA G=>A 15 S2
62 TGC G=>A 10 S2
63 TGG G=>A 7 S2
64 TGT G=>A 22 S2
这包含由字母A
,C
,T
和G
组成的所有可能的三元组,这些三元组按类型分组和计数,例如C=>T
,G=>A
代表两个不同的样本S1
,S2
。
我想为每种类型制作图表(C=>T
,G=>A
)。我可以在一个情节中做到这一点:
so <- read.table("muts.txt", header = FALSE)
colnames(so)=c("tri", "trans", "freq", "sample")
ggplot(so, aes(tri,freq, group = sample)) +
geom_point(aes(colour = sample, shape = trans))
作为facet_wrap:
ggplot(so, aes(tri,freq, group = sample)) +
geom_point(aes(colour = sample)) +
facet_wrap(~ trans) +
theme(axis.text.x = element_text(angle=90))
根据我的理解,facet_wrap
明确假设每个方面的轴都相同,所以我的facet_wrap
图中有三个不存在该类型的三元组的间隙。
任何人都可以帮我制作类似于facet_wrap
的图,但轴值只对应于可用数据吗?
这是facet_wrap还是gridextra的工作?