Question

我是Python新手，需要使用一个名为chromosomer的基于python的工具来导入一些python包，包括bioformats。 Bioformats有许多模块，包括床。在运行chromosomer时，我收到错误：

smeeta:~$ python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13) 
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import chromosomer
>>> from chromosomer.cli import bioformats
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/chromosomer/cli.py", line 8, in <module>
    import bioformats.bed
ImportError: No module named bed
>>> import bioformats
>>> import bioformats.bed
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named bed
>>>

如何安装包装chromosomer及其相关包？

Answer 1

使用pip

E.g。

#>pip install <desired package>
#>pip install chromosomer

官方pip文档link。

适用于Python 2.7.9+和3.4 + 它应预先安装pip

Python2≤2.7.8且Python3≤3.3 按照此处的说明操作：https://pip.pypa.io/en/stable/installing/#do-i-need-to-install-pip

有关此问题的更多讨论： Does Python have a package/module management system?

Answer 2

所以在python中，大多数东西都是使用pip命令安装的，这是一个用于安装Python包的推荐工具。

你也尝试过：

pip install python-bioformats

Answer 3

对于除默认包以外的任何包，您需要在导入/使用它们之前安装它们。

安装Python包的最常用和最方便的方法是通过pip包管理实用程序。

1. 安装点：

sudo apt-get install python-pip  # for Debian/Ubuntu
sudo yum -y install python-pip  # for CentOS/RHEL

注意：对于Python 2.7.9+和3.4 + pip已预先安装。

2. 安装python包：

sudo pip install chromosomer

它会将bioinformats，future，pyfaidx，PyVCF，six个软件包作为依赖项安装。注意：如果已经是sudo用户，或者使用root，则无需vitualenv。

验证 - 可以使用pip freeze命令验证安装：

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ pip freeze
bioformats==0.1.14
chromosomer==0.1.3
future==0.16.0
pyfaidx==0.4.8.1
PyVCF==0.6.8
six==1.10.0
wheel==0.24.0

测试 - 我安装了chromosomer并导入，工作正常：

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ python 
Python 2.7.5 (default, Sep 15 2016, 22:37:39) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from chromosomer.cli import chromosomer
>>>

如何导入python包？

3 个答案: