Question

我刚刚将我的工具中的所有模块从python 2迁移到python 3.我遇到了一个我无法解决的问题 - 我不知道如何写入gzipped fasta文件。

with gzip.open("sample.fasta.gz", "w") as file:
    print("writing...")
    for oid, seq in temp_data.items():
        # prepare row
        row = SeqRecord(Seq(seq), id=str(oid), description=temp_tax[oid])
        SeqIO.write(row, file, "fasta")

此代码适用于python 2，但它在python 3中不起作用，它引发了：

TypeError：memoryview：需要类似字节的对象，而不是＆＃39; str＆＃39;

我该如何解决问题？

Answer 1

gzip.open function与常规open函数不同，默认为二进制模式，而不是文本模式。您必须显式传递t作为模式字符串的一部分，以文本模式打开（接受/期望str）：

with gzip.open("sample.fasta.gz", "wt") as file:

为避免行结束转换，您可能还需要pass newline=''（空字符串），以便在像Windows这样的系统上，它不会将\n转换为\r\n当它写的时候。

Answer 2

尝试将从this.on("addedfile", function (file) { if (this.files[1] != null) { this.removeFile(this.files[0]); } else { file.status = 'queued'; } });返回的字符串转换为SeqRecord对象。

bytes

record.format('')将记录恢复为byte_row = record.format('').encode()。

.encode()会将string转换为string个对象。

写入python 3.5中的gzipped fasta文件

2 个答案: