我有一个tiff文件，它有多个使用ImageJ排列在Z堆栈中的灰度图像，形成一个3D图像。从这张图片中我想提取某些物体，即细胞体或轴突。
我不是在寻找自动分段，而是宁愿手动选择所需的区域。但是，我无法找到一个软件，可以让我在3D tiff图像中绘制选区并导出所选区域。
所以我的问题是，是否有这样的软件？
答案 0 :(得分：2)
您可以使用3D套件进行3D自动分割和测量，请参阅：
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:3d_ij_suite:start
如果你有一个堆叠，你也可以手动标记和填充你的对象，以提取和测量它们，例如， 3D对象计数器。
另一种可能性是使用Trainable Segmentation Plugin来标记堆栈中的类似区域，请参阅：