加载NCBITaxa崩溃

时间:2016-10-10 01:41:01

标签: python ncbi ete3

我已经在非常强大的服务器上使用ete2模块一段时间了。 一切都很好,直到它开始变得非常缓慢(每分钟一个get_taxid_translator()个功能),现在我甚至无法通过ncbi = NCBITaxa()任务。 我已经卸载并重新安装了anaconda2,尝试更新到ete3,在我们的“开发服务器”上一切正常,但仍然无法通过普通服务器上的任何软件中的ncbi = NCBITaxa()行。甚至以下脚本也无法完成

    #!/usr/bin/env python
    from ete3 import NCBITaxa

    ncbi = NCBITaxa()

    print "Finished"

这是否发生在其他人身上?我是否需要降级任何依赖项?这可能是权限问题吗? 当我运行基本脚本ctrl + c时,ctrl + z将转义脚本,我必须使用kill -9 <job-id>来终止脚本。如果我等待太久,这个过程会进入不间断的睡眠状态。

提前谢谢你, 亚历。

Python 2.7.12 :: Anaconda custom(64位) gcc(GCC)5.4.0

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