应对DESeq2中的标签/类不平衡

时间:2016-09-26 20:53:27

标签: r regression

我试图对标签不平衡数据进行差异表达;我的情况:控制比例为2:1。

我知道回归是DESeq2机制的核心,我知道回归有内部机制来应对这种不平衡。

具体而言,您可以从过度代表的群体中减少观察量,以强制对学习做出同等贡献。 DESeq2中的用户是否可以使用观察权重?

小组a在学习中过度代表:

glm( gene_i ~ effect , data[,c('a','a','a','a','b','b')] )

小组ab在学习方面的代表性相同:

glm( gene_i ~ effect , data[,c('a','a','a','a','b','b')] , weight=c(.5,.5,.5,.5,1,1) )

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