如果命令

Question

我有一个我存储为

的变量

upstream_introngap=$(awk '$3==$start-1 && $4 ~/$geneid/' File | awk '{print $3-$2}') 

并在代码中使用它

if [ "$upstream_introngap" -lt "100" ] ; then
    condition

但是我收到错误

[: : integer expression expected

我正在尝试不同的组合，但我无法得到正确的比较表达式，这里的问题是变量或与之比较的表达式/数字？ 例如

grep -w ENSG00000007237:I2 File
chr17   9964697 10017758    ENSG00000007237:I2  -
awk '$3==10017758 && $4 ~ /ENSG00000007237/' File | awk '{print $3-$2}' for 
53061

以上一行 我想比较这个数字（53061），看它是否小于100

Answer 1

尝试：

start=10017759
geneid=ENSG00000007237
upstream_introngap=$(awk -v s="$start" -v id="$geneid" '$3==s-1 && $4~id {print $3-$2; exit}' File)
if [ "$upstream_introngap" -lt "100" ]; then
    echo less than
else
    echo greater or equal
fi

以此为样本文件：

$ cat File
chr17   9964697 10017758    ENSG00000007237:I2  -

该脚本生成此输出：

$ bash script
greater or equal

注意：

1. start和geneid是 shell 变量。选项-v s="$start"和-v id="$geneid"将这些shell变量分配给 awk 变量。

2. 不需要两个awk命令。单个命令可以选择该行并执行减法。

3. 如果第四个字段与$4~id匹配，则表达式id为true。在此上下文中，id被视为正则表达式。如果id包含任何正则表达式活动字符，例如()*+[]，则结果可能与您预期的不同。