Question

我正在尝试在两个单独的数据集上执行lmerTest，由于某种原因，我收到了其中一个数据集的以下错误。

在pf（F.stat，qr（Lc）$ rank，nu.F）：NaNs产生

This dataset为我提供了habitat和soil之间的互动字词的p值，没有问题。

anova（lmer（sqrt（abs）~habitat * soil +（1 | species），data = frl_light， REML = T））

Analysis of Variance Table of type III  with  Satterthwaite 
approximation for degrees of freedom
               Sum Sq  Mean Sq NumDF  DenDF F.value  Pr(>F)  
habitat      0.057617 0.028809     2 8.8434  1.0880 0.37805  
soil         0.232708 0.232708     1 2.6732  8.7888 0.06848 .
habitat:soil 0.308003 0.154001     2 2.7134  5.8163 0.10443  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

但是，具有相似结构的

This dataset会引发错误，并且无法为habitat和light之间的互动提供p值。密度自由度测量也是0，这可能是问题所在。

anova（lmer（sqrt（abs）~habitat * light +（1 | species），data = frl_soil， REML = T））

Analysis of Variance Table of type III  with  Satterthwaite 
approximation for degrees of freedom
               Sum Sq  Mean Sq NumDF  DenDF F.value Pr(>F)
habitat       0.00845 0.004223     2 7.9751  0.3494 0.7154
light         0.01634 0.016336     1 1.9241  1.3517 0.3689
habitat:light 0.42813 0.214067     2 0.0000 17.7124       
Warning message:
In pf(F.stat, qr(Lc)$rank, nu.F) : NaNs produced

我不知道为什么lmerTest适用于一个数据集而不适用于另一个数据集，因为这两个数据集至少在我看来，几乎无法区分。如果有人能够解释此事，请帮助。

更新1：我尝试过Ben Bolker建议使用Kenward-Roger估算。但是，我们的答案似乎有所不同。我正在运行R 3.3.1，lme4 1.1-12和lmerTest 2.0-32。这是我的输出

anova（lmer（sqrt（abs）~habitat * light +（1 | species）， + data = frl_soil，REML = T）， + ddf =＆＃34; Kenward-Roger＆＃34;）

anova from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Analysis of Variance Table
              Df  Sum Sq  Mean Sq F value
habitat        2 0.00244 0.001219  0.1009
light          1 0.00476 0.004763  0.3941
habitat:light  2 0.42813 0.214067 17.7124

更新1.1：这是使用SAS的混合模型分析的输出，其中我添加了一个额外的列，其平方根为abs，为sqrtabs。

FILENAME REFFILE＆＃39; /folders/myfolders/frl_soil.csv' ;;

PROC IMPORT DATAFILE = REFFILE DBMS = CSV OUT = WORK.FRLSOIL;     GETNAMES = YES; RUN;

PROC目录数据= WORK.FRLSOIL; RUN;

％web_open_table（WORK.FRLSOIL）;

PROC MIXED data = WORK.FRLSOIL;   CLASS物种栖息地光sqrtabs;   model sqrtabs =栖息地光栖息地* light / DDFM = KENWARDROGER;   随机拦截物种;   运行;

Type 3 Tests of Fixed Effects
Effect         Num DF   Den DF  F Value     Pr > F
habitat             2       10     1.11     0.3681
light               1       10     0.45     0.5159
habitat*light       2       10     0.27     0.7716

交互项失败lmerTest与In pf（F.stat，qr（Lc）$ rank，nu.F）：生成的NaNs

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