Question

尽管提到了作业应该运行的作业名称，分区和节点，但R仍然在计算节点01上运行而没有迁移到其他节点。我现在正在介绍下面的脚本，感谢任何帮助：

!/bin/bash
#SBATCH --job-name=10/0.30
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --partition=debug
#SBATCH --exclude=compute[23,31-33,40]
#SBATCH --nodelist=compute[07]

echo "program started"  

cd /home1/ASP/sourav/coarse_grained_simulations/10/0.30

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R CMD BATCH --no-save --no-restore test_dcd.R test_dcd.out

运行squeue以获取正在运行的作业列表：

         12169      nnvi        R      ASP  R       7:08      1 compute01
         12172      nnvi        R      ASP  R       5:03      1 compute01
         12175      nnvi        R      ASP  R       3:26      1 compute01
         12177      nnvi        R      ASP  R       0:02      1 compute01

Answer 1

您必须运行sbatch，将脚本作为参数传递，而不是在脚本内部。

所以不要运行：

O(n^2)

你应该跑：

//arr is already sorted long triangles = 0; for(int i = 0; i < n-2; i++){ int k = i + 2; for(int j = i + 1; j < n; j++){ while(arr[i] + arr[j] > arr[k] && k < n){ k++; } triangles += k-j-1; } } long answer = n*(n-1)*(n-2)/6 - triangles;

此外，如果您想在作业中使用多个cpu，则应使用sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R...而不是sbatch myscript.sh。 --cpus-per-task=16和--ntasks-per-node用于MPI应用程序。有关这些选项的更多详细信息，请查看sbatch联机帮助页。

SLURM上的R作业仅在单个节点上运行

1 个答案: