Question

所以我正在编写一个包并有一些泛型，但不知道如何解决有关S3一致性的警告。手册说方法参数必须具有 all 泛型的参数并且顺序相同。我写的泛型都是单个参数泛型和单参数方法。为简洁起见，我只展示了我从大班继承的写作。

A类的第一种方法

#' features generic where features is a constructor from SummarizedExperiment clas
#' @name features
#' @rdname features-methods
#' @exportMethod features
setGeneric("features", function(x) standardGeneric("features"))


 #' method for features<-
 #' @name features<-
#' @rdname features-methods
#' @exportMethod features<-
setGeneric("features<-", function(x, value) standardGeneric("features<-"))

#' @rdname features-methods
#' @aliases features
setMethod("features", "KallistoExperiment", function (x) rowRanges(x))

B类方法

setMethod（＆＃34; features＆＃34;，＆＃34; RangedSummarizedExperiment＆＃34;， function（x）rowRanges（x））

setReplaceMethod("features", c("RangedSummarizedExperiment", "ANY"), 
             function(x, value) {
               rowRanges(x) <- value
               return(x)
             })

所以这就是我所困惑的： 1）我从SummarizedExperiment继承了A类方法。事实上，我的A类是setClass（....，contains =＆＃34; RangedSummarizedExperiment＆＃34;）这就是定义A类的方法。（有关详细信息，请参阅arcolombo / arkas github存储库）

还有其他几种方法，但是这些其他方法都是我的自定义类A所独有的。所以我不确定为什么S3不一致是警告（我正在遵循通用参数完全）

所以＆＃39;功能＆＃39; generic是rowRanges的访问器。其中rowRanges泛型写为

## Accessors

 rowRanges(x, ...)
 rowRanges(x, ...) <- value

问题是来自A类的泛型函数调用rowRanges（x），但它应该调用rowRanges（x，...）？

这个警告让我陷入困境。

谢谢大家和你们所有人的好事。和平。善良。重复。

以下是我正在处理的第一个警告：

 * checking S3 generic/method consistency ... WARNING
Loading required package: rtracklayer
Loading required package: knitr
Loading required package: stringdist
Loading required package: biomaRt
Warning: replacing previous import ‘Biostrings::tail’ by ‘utils::tail’   when loading ‘TxDbLite’
Warning: replacing previous import ‘Biostrings::head’ by ‘utils::head’ when loading ‘TxDbLite’
  Loading required package: SummarizedExperiment
  Loading required package: Rsamtools
Loading required package: XVector
Loading required package: Biostrings
Loading required package: tools
Loading required package: ComplexHeatmap
Loading required package: grid
Attaching package: ‘ComplexHeatmap’
The following object is masked from ‘package:biomaRt’:
     select
The following object is masked from ‘package:AnnotationDbi’:
    select
Attaching package: ‘arkas’
The following object is masked from ‘package:GenomicFeatures’:
features
See section ‘Generic functions and methods’ in the ‘Writing R
Extensions’ manual.

这是整个第二次警告

Here is the second warning:

* checking replacement functions ... WARNING
Loading required package: rtracklayer
Loading required package: knitr
Loading required package: stringdist
Loading required package: biomaRt
Warning: replacing previous import ‘Biostrings::tail’ by ‘utils::tail’ when loading ‘TxDbLite’
Warning: replacing previous import ‘Biostrings::head’ by ‘utils::head’ when loading ‘TxDbLite’
Loading required package: SummarizedExperiment
Loading required package: Rsamtools
Loading required package: XVector
Loading required package: Biostrings
Loading required package: tools
Loading required package: ComplexHeatmap
Loading required package: grid
Attaching package: ‘ComplexHeatmap’
The following object is masked from ‘package:biomaRt’:
select
The following object is masked from ‘package:AnnotationDbi’:
select

Attaching package: ‘arkas’
The following object is masked from ‘package:GenomicFeatures’:

features

The argument of a replacement function which corresponds to the right
 hand side must be named ‘value’.

状态：4个警告，7个注意事项看到 “/home/arcolombo/Documents/github_repos/arkas.Rcheck/00check.log” 详情。

我有4个警告，其中一些是关于缺少文档和使用注释。这两个细节用替换方法和泛型本身添加了细节。

当我改变泛型时，我也得到同样的警告：

setGeneric("features", function(x,...) standardGeneric("features"))


#' method for features<- 
#' @name features<-
#' @rdname features-methods
#' @exportMethod features<-
setGeneric("features<-", function(x,...,value)    standardGeneric("features<-"))

#' @rdname features-methods
#' @param x object with features defined
#' @param ... additional args 
#' @aliases features
setMethod("features", "KallistoExperiment", function (x,...) rowRanges(x,...))

（这是添加rowRanges（x，...）和...）

也许关于头部/尾部的警告信息替换以前的导入警告是罪魁祸首？

更新

所以我试图减少一些已经出现的屏蔽消息。经过一些清洁之后，这里连续发出2次关于仿制药和方法的警告。

非常重要的注意事项

而不是将泛型重写为名为rowRanges的标题功能。我的班级是SummarizedExperiment的孩子，这意味着我的班级直接继承了rowRanges。所以我删除了围绕rowRanges构建的泛型，我只是在我的R函数中直接使用rowRanges。但是下面是警告标志。我仍然不确定这个错误的原因。

检查S3通用/方法一致性......警告加载所需的包：rtracklayer 装载所需包装：knitr 加载必需的包：stringdist 加载所需的包：SummarizedExperiment 加载所需的包：Rsamtools 加载所需包装：XVector 加载所需包装：Biostrings 加载所需的包：工具加载所需的包：ComplexHeatmap 加载所需的包：grid

附加包：'ComplexHeatmap'

以下对象从'package：AnnotationDbi'屏蔽：

select

参见'写作R'中的'通用函数和方法'部分扩展手册。 *检查更换功能......警告加载所需的包：rtracklayer 装载所需包装：knitr 加载必需的包：stringdist 加载所需的包：SummarizedExperiment 加载所需的包：Rsamtools 加载所需包装：XVector 加载所需包装：Biostrings 加载所需的包：工具加载所需的包：ComplexHeatmap 加载所需的包：grid

附加包：'ComplexHeatmap'

以下对象从'package：AnnotationDbi'屏蔽：

select

与右边对应的替换函数的参数手边必须命名为'value'。 *检查外国函数调用...注意加载所需的包：rtracklayer 装载所需包装：knitr 加载必需的包：stringdist 加载所需的包：SummarizedExperiment 加载所需的包：Rsamtools 加载所需包装：XVector 加载所需包装：Biostrings 加载所需的包：工具加载所需的包：ComplexHeatmap 加载所需的包：grid

附加包：'ComplexHeatmap'

以下对象从'package：AnnotationDbi'屏蔽：

select

参见'写作R'中的“系统和外语接口”一章扩展手册。

R CMD检查警告：检查S3通用/方法一致性

更新

非常重要的注意事项

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