Question

我想在R中的二进制矩阵上应用聚类。有一个很好的包叫做＃34; biclust＆＃34;可用，但它确实并且不显示我想要的所有内容。

我有一个二进制矩阵，如下所示：

1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0

我的目标是将以下（可能是彩色的）双重（并显示）：

1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0

设置代码：

# install.packages("biclust") (if necessary)
library("biclust")

testMatrix <- matrix(c(1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0),
                     nrow = 7,
                     ncol = 7,
                     byrow = TRUE)

我应用了＆＃34; biclust＆＃34;的双重功能。 R包：

testCluster <- biclust(x = testMatrix, method=BCBimax())

确实我得到了两个预期的集群：

An object of class Biclust 
call:
biclust(x = testMatrix, method = BCBimax())
Number of Clusters found:  2 
First  2  Cluster sizes:
                      BC 1  BC 2
Number of Rows:       3     2
Number of Columns:    3     2

我可以通过以下方式单独显示群集：

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

我可以通过以下方式显示整个聚类矩阵（左上角的一个聚类）：

drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

到目前为止一切顺利，但我想：

切换显示颜色。现在1为红色，0为绿色。
我想查看原始矩阵的行和列。现在只显示特定簇的行号和列号（使用drawHeatMap），并且在整个聚簇矩阵（drawHeatMap2）中没有显示行号和列号。
我想要一个排序很好的聚簇矩阵。现在只有drawHeatmap2中指定的簇显示在左上角，但对于矩阵的其余部分，我还希望其他簇从左上角到右下角的其他矩阵排序很好。

这些更改是否可行（使用＆＃34; biclust＆＃34;包）？或者用R做另外一种方式更好吗？

Answer 1

更改biclust source packag包中的drawHeatmap（）函数：

trace（“drawHeatmap”，edit = TRUE）
更改以下内容：
（a）切换红色和绿色 - 在呼叫rgb（）中切换rvect和gvect （b）原始rownames而不是new - 将'labels ='更改为'= bicCols'和'= bicRows'。
打印rownumbers：在轴之前关于行：cat（bicRows）。
将rownumbers保存到文件 - 在轴之前关于行：write（bicRows，file =“FILENAME.txt”）

在R中徘徊

1 个答案: