Question

我使用的是php脚本，我需要使用blastp来恢复一些数据。当我在命令提示符下运行它时，这很好。

blastp -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore" -out musica1.fa

但它在我的脚本中不起作用。这是我的剧本：

$blastp = "C:/wamp/www/SiMiLa/blastp.exe";
$texto = "'7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore'";
$cmd = $blastp." -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt '$texto' -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

当我运行它时，我收到以下错误：

USAGE blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_strategy filename] [-task task_name] [-db database_name] [-dbsize num_letters] [-gilist filename] [-seqidlist filename] [-negative_gilist filename] [-entrez_query entrez_query] [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-db_hard_mask filtering_algorithm] [-subject subject_input_file] [-subject_loc 范围] [-query input_file] [-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value] [-gapopen open_penalty] [-gapextend extend_penalty] [-qcov_hsp_perc float_value] [-max_hsps int_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value] [-xdrop_gap_final float_value] [-searchsp int_value] [-sum_stats bool_value] [-seg SEG_options] [-soft_masking soft_masking] [-matrix matrix_name] [-threshold float_value] [-culling_limit int_value] [-best_hit_overhang float_value] [-best_hit_score_edge float_value] [-window_size int_value] [-lcase_masking] [-query_loc range] [-parse_deflines] [-outfmt format] [-show_gis] [-num_descriptions int_value] [-num_alignments int_value] [-line_length line_length] [-html] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-ungapped] [-remote] [-comp_based_stats compo] [-use_sw_tback] [-version]描述蛋白质 - 蛋白质BLAST 2.2.31+使用＆＃39; -help＆＃39;至打印命令行参数的详细说明 ================================================== ======================错误：位置参数太多（1），有问题的值：qseqid

有人可以帮助我吗？

Answer 1

我通过将脚本更改为：

来解决它

$blastp = "C:/wamp/www/SiMiLa/blastp.exe";
$texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";
$cmd = $blastp." -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt \"7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore\" -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

Answer 2

我曾经有过同样的错误，但是对我来说，问题是通过复制/粘贴从BLAST的pdf文档中使用了不兼容的破折号。如果其他人遇到此错误，但不是语法错误，请尝试使用键入的破折号替换所有粘贴的破折号。

Answer 3

我遇到了同样的错误，解决方法与上面的飞指一样。不正确的“-”是从我在互联网上获得的一些代码复制和粘贴的。删除破折号并重新输入它解决了问题。

得到＆＃34;错误：位置参数太多（1），有问题的值：qseqid＆＃34;当使用blast + php时

3 个答案: