是否可以安装生物导电包＆＃39; rain＆＃39;在R Jupyter笔记本？

Question

我想在Jupyter笔记本中为R安装bioconductor rain package。

我无法按照上面链接的网站上的说明在Jupyter笔记本中安装此软件包 - 在R Jupiter笔记本中：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rain") 

我收到以下错误：

Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status

我可以使用以下命令行在Jupyter（DESeq2）中安装不同的bioconductor包：

conda install bioconductor-deseq2

但是这种方法不适用于雨水包装，因为与deseq2不同，雨水不在雨水云上。

是否可以在Jupyter的anaconda云（如雨水包）上安装bioconductor包，如果是的话，怎么样？

谢谢！

Answer 1

我找到了解决问题的方法。有两种方法可以安装IRkernel：1）使用CRAN + Github（说明：http://irkernel.github.io/）和2）作为名为r-irkernel的conda包。我使用的后一种方法安装并运行conda自己的R版本，它在可安装的软件包方面具有更多有限的功能。而CRAN + Github方法允许Jupyter使用已安装在您计算机上的R版本以及它可以运行的任何软件包。