为什么MuMIn会给MCMCglmm带来奇怪的结果?

时间:2016-06-23 16:12:54

标签: r mixed-models mumin

作为MCMCglmm模型选择的一个选项(另请参阅this related question)我正在尝试使用MuMIn包进行模型平均。 它似乎无法正常工作 - 请参阅下面的输出。 任何想法为什么?输出看起来很废话。特别是,对于z值存在一堆NA值,并且这些值不是NA,它们都是正好1.这可能源于除了一个模型之外的所有模型都被指定为0的权重,这似乎不切实际

请注意,在MuMIn的文档中,它被列为与MCMCglmm对象兼容。

可重复的例子:

Call:
model.avg(object = dred)

Component model call: 
uMCMCglmm(fixed = phenotype ~ <16 unique rhs>, random = ~taxon, data = d, 
     prior = prior, verbose = FALSE, ginverse = list(taxon = Ainv))

Component models: 
       df  logLik   AICc  delta weight
3       5  -49.24 108.93   0.00      1
4       5  -71.18 152.82  43.89      0
(Null)  3  -76.98 160.13  51.20      0
34      7  -90.35 195.56  86.63      0
23      6  -95.03 202.71  93.78      0
24      6 -105.79 224.22 115.29      0
1       4 -134.87 278.04 169.11      0
123     7 -137.36 289.59 180.66      0
2       4 -154.82 317.93 209.00      0
234     8 -162.69 342.51 233.58      0
13      6 -167.74 348.12 239.19      0
124     7 -171.06 356.99 248.05      0
14      6 -172.53 357.70 248.77      0
134     8 -171.60 360.33 251.40      0
12      5 -181.16 372.78 263.84      0
1234    9 -189.33 398.07 289.14      0

Term codes: 
X1 X2 X3 X4 
 1  2  3  4 

Model-averaged coefficients:  
(full average) 
              Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -7.642e-01         NA      NA       NA
X3B          6.708e-01  6.708e-01       1    0.317
X3C          9.802e-01  9.802e-01       1    0.317
X4B         -9.505e-11  9.505e-11       1    0.317
X4C         -7.822e-11  7.822e-11       1    0.317
X2          -3.259e-22  3.259e-22       1    0.317
X1           1.378e-37  1.378e-37       1    0.317

(conditional average) 
            Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -0.76421         NA      NA       NA
X3B          0.67078         NA      NA       NA
X3C          0.98025         NA      NA       NA
X4B         -0.32229         NA      NA       NA
X4C         -0.26522         NA      NA       NA
X2          -0.07528         NA      NA       NA
X1           0.72300         NA      NA       NA

Relative variable importance: 
                     X3    X4    X2    X1   
Importance:              1 <0.01 <0.01 <0.01
N containing models:     8     8     8     8

输出:

registerFunction("substring_index", new StandardSQLFunction("SUBSTRING_INDEX", StandardBasicTypes.STRING));

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