我正在尝试进行一些参数化dplyr
操作。表达问题根源的最简单可重复的例子是:
# Data
test <- data.frame(group = rep(1:5, each = 2),
value = as.integer(c(NA, NA, 2, 3, 3, 5, 7, 8, 9, 0)))
> test
group value
1 1 NA
2 1 NA
3 2 2
4 2 3
5 3 3
6 3 5
7 4 7
8 4 8
9 5 9
10 5 0
# Summarisation example, this is what I'd like to parametrise
# so that I can pass in functions and grouping variables dynamically
test.summary <- test %>%
group_by(group) %>%
summarise(group.mean = mean(value, na.rm = TRUE))
> test.summary
Source: local data frame [5 x 2]
group group.mean
<int> <dbl>
1 1 NaN
2 2 2.5
3 3 4.0 # Correct results
4 4 7.5
5 5 4.5
这是我独自走多远
# This works fine, but notice there's no 'na.rm = TRUE' passed in
doSummary <- function(d_in = data, func = 'mean', by = 'group') {
# d_in: data in
# func: required function for summarising
# by: the variable to group by
# NOTE: the summary is always for the 'value' column in any given dataframe
# Operations for summarise_
ops <- interp(~f(value),
.values = list(f = as.name(func),
value = as.name('value')))
d_out <- d_in %>%
group_by_(by) %>%
summarise_(.dots = setNames(ops, func))
}
> doSummary(test)
Source: local data frame [5 x 2]
group mean(value)
<int> <dbl>
1 1 NA
2 2 2.5
3 3 4.0
4 4 7.5
5 5 4.5
尝试使用'na.rm'参数
# When I try passing in the 'na.rm = T' parameter it breaks
doSummary.na <- function(d_in = data, func = 'mean', by = 'group') {
# Doesn't work
ops <- interp(~do.call(f, args),
.values = list(f = func,
args = list(as.name('value'), na.rm = TRUE)))
d_out <- d_in %>%
group_by_(by) %>%
summarise_(.dots = setNames(ops, func))
}
> doSummary.na(test)
Error: object 'value' not found
非常感谢你的帮助!
答案 0 :(得分:3)
您的标题提及...
,但您的问题却没有。如果我们不需要处理...
,那么答案会更容易 ,因为我们根本不需要do.call
,我们可以直接调用该函数;只需将您的ops
定义替换为:
ops = interp(~f(value, na.rm = TRUE),
f = match.fun(func), value = as.name('value'))
请注意,我在这里使用了match.fun
而不是as.name
。这通常是一个更好的主意,因为它与函数查找“就像R”一样工作。因此,您不能只将函数名称字符作为参数传递,还可以传递函数名称或匿名函数:
doSummary.na(test, function (x, ...) mean(x, ...) / sd(x, ...)) # x̂/s?! Whatever.
说到这一点,您尝试设置列名也会失败;您需要将ops
放入列表中以解决此问题:
d_in %>%
group_by_(by) %>%
summarise_(.dots = setNames(list(ops), func))
...因为.dots
需要一个操作列表(而setNames
也需要一个向量/列表)。但是,如果您将func
对象传递给不是字符向量的函数,则此代码将再次无效。为了使其更加健壮,请使用以下内容:
fname = if (is.character(func)) {
func
} else if (is.name(substitute(func))) {
as.character(substitute(func))
} else {
'func'
}
d_in %>%
group_by_(by) %>%
summarise_(.dots = setNames(list(ops), fname))
如果你真的想允许传递...
而不是已知的参数,事情变得更复杂,因为(据我所知),没有直接的方式通过...
传递interp
和你一样,我无法让do.call
方法起作用。
make_call
,它可以帮助我们找到解决方案。以上也可以写成
# Not good. :-(
ops = make_call(as.name(func), list(as.name('value'), na.rm = TRUE))
这很有效。仅当func
作为字符向量传递时,但。如上所述,这根本不灵活。
但是,make_call
只包含基础R的as.call
,我们可以直接使用它:
ops = as.call(list(match.fun(func), as.name('value'), na.rm = TRUE))
现在我们可以简单地传递...
:
doSummary = function (d_in = data, func = 'mean', by = 'group', ...) {
ops = as.call(list(match.fun(func), as.name('value'), ...))
fname = if (is.character(func)) {
func
} else if (is.name(substitute(func))) {
as.character(substitute(func))
} else {
'func'
}
d_in %>%
group_by_(by) %>%
summarize_(.dots = setNames(list(ops), fname))
}
要明确:使用interp
可以实现同样的效果,但我认为这需要从列表中手动构建formula
对象,这与我的解决方案中的操作非常相似,然后(冗余地)在结果上调用interp
。
我通常发现虽然interp
是一个强大的substitute
替换,但是bquote
,一个相当不充分的基本R函数,已经提供了许多相同的语法优势。与基本R表达式不同,