Question

Hallo Stack Overflow社区，

我对.tif文件有点问题。我确信这只是一个小问题，我无法解决（请记住，我是一个相对较新的程序员）。

基本上：我准备了大小为64x64xn的文件（n直到1000）。图像只是包含所有这些切片的单个文件。我想将图像加载到（多维）numpy数组中。我试过了：

from PIL import Image as pilimage

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = pilimage(file_path)
tiffarray = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

和其他东西（如tifffile）。我似乎只能读取堆栈的第一个切片。 “expim”是否可以包含tiff堆栈中保存的所有信息？

感谢任何帮助！

Answer 1

我不确定是否有办法让PIL打开tiff堆栈的多个切片。

但是，如果您不必使用PIL，则替代方法是scikit-image，默认情况下会从tiff堆栈中打开多个切片。下面是一些使用scikit-image将tiff堆栈加载到Numpy数组的示例代码：

>>> from skimage import io
>>> im = io.imread('an_image.tif')
>>> print im.shape
(2, 64, 64)

请注意，imread函数将图像直接加载到Numpy数组中。此外，得到的数组的尺寸是有序的（z，y，x），其中z代表深度，y代表高度，x代表宽度。因此，要从堆栈中获取单个切片，您只需：

>>> print im[1].shape
(64, 64)

Answer 2

PIL有一个函数seek可以移动到tiff堆栈的不同切片。

from PIL import Image as pilimage

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = pilimage(file_path)
w,h = dataset.size
tifarray = np.zeros((w,h,dataset.n_frames))
for i in range(dataset.n_frames):
   dataset.seek(i)
   tiffarray[:,:,i] = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

使用python在numpy数组中加载tiff堆栈

2 个答案: