更改热图聚类分支的顺序

时间:2016-06-02 12:01:14

标签: r heatmap hierarchical-clustering

我有3个热图:每个热图对于不同的细菌种类(每个都有3个重复)在不同的pH值下生长:5.0,7.4和9.8。

绘制热图

library(gplots)

heatmap.2(data.scale, key = TRUE, keysize = 1, Rowv = NULL,
  Colv = as.dendrogram(hclust(col.clus, method = "average")),
  density.info = "none", trace = "none", cexCol = "0.95",
  cexRow = "0.59", margins = c(4, 10), col = heat.colors,
  dendrogram = ('column'))

在我的热图(见图)中,pH9.8首先与pH5和pH7.4分开。我知道它是合乎逻辑的,因为它是由欧几里德距离给出的相似性组织的。但出于视觉目的,我希望外观的顺序为pH 5.0,pH 7.4和pH 9.8,因为每个热图将以不同的顺序出现不同的pH值。

有没有办法用R做到这一点?或者这在逻辑上是不可能的?

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