Question

这个问题是由Rmarkdown not outputting results of system command to html file推动的。出于某种原因，system()或system2()无法捕获R（或sink()）中capture.output()的输出，因此目前无法 knitr < / strong>记录输出。例如，在R控制台中：

> system('ls') DESCRIPTION NAMESPACE R README.md inst man

但在 knitr 文档中，您将看不到输出，因为capture.output(system('ls'))为character(0)，即无法捕获输出。当然，正如我在回答这个问题时提到的那样，我可以做cat(system('ls', intern = TRUE), sep = '\n')，但这有点尴尬。我想知道这是否是一种在不使用system()和intern = TRUE的情况下捕获cat()输出的方法。

更新：请参阅https://github.com/yihui/knitr/issues/1203了解我为解决问题而提供的黑客攻击。

Answer 1

我认为你不能这样做（至少在* nix系统上;我没有方便的Windows / Mac系统）因为system似乎无形地返回执行的命令返回的值，并且R似乎没有将命令的输出重定向到R控制台。

这是因为终端的stdout与R控制台“stdout”不同。您在R会话中看到的是终端的stdout和R进程输出的混合。 capture.output正在寻找R流程的输出，而不是从父流程到stdout的所有输出。

你可以开始一个打印到stdout的过程，把它放在后台，然后启动R ......然后你会在你的“R输出”中看到这个过程的输出，就像你有从R。

运行system("ping -c5 8.8.8.8")

josh@computer: /home/josh
> ping -c5 8.8.8.8 & R
[1] 5808
PING 8.8.8.8 (8.8.8.8) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=1 ttl=46 time=39.9 ms

R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336) -- "Very Secure Dishes"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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Type 'q()' to quit R.

> 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=2 ttl=46 time=38.1 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=3 ttl=46 time=38.3 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=4 ttl=46 time=38.4 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=5 ttl=46 time=38.3 ms

--- 8.8.8.8 ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4003ms
rtt min/avg/max/mdev = 38.176/38.656/39.986/0.703 ms

> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
[1]+  Done                    ping -c5 8.8.8.8

josh@computer: /home/josh
>

Answer 2

您可以添加屏蔽knitr::system的函数base::system。用户可以像system::base一样使用它，但capture.output可以捕获输出：

system <- function(...) {
  stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
  result <- base::system(..., intern = TRUE)
  print(result)
}

我承认，这有些愚蠢，说实话，我不确定可能的副作用。但我认为值得一试。

如何捕获系统的输出（）

2 个答案: