Question

我目前在unix环境中使用Python 2.7。我需要在我的python脚本中运行R脚本，但我无法使其工作，因为我的R模块需要先加载（使用“模块加载”）

这是我的python脚本：

    import os
    import subprocess as sp

    os.system('module load R/3.2.3')
    out = sp.check_output(['Rscript','test.R'], universal_newlines=True)

我一直有同样的错误：“[Errno 2]没有这样的文件或目录”

有什么想法吗？我看了here和here，但无法使其正常工作。

感谢您的帮助！

Answer 1

那么“模块加载”实际上是在调用shell中设置一些环境变量。所以当你这样做时：

os.system('module load R/3.2.3')

Python创建一个进程，在其中运行/bin/sh，并将该命令传递给shell。模块环境变量在该shell中设置。那个shell退出了 - 完成了工作！

环境变量不会 - 也不会 - 传播回Python进程。所以当你这样做时：

sp.check_output(['Rscript','test.R'])

您之前运行module load完全无关紧要。

那你怎么解决这个问题呢？那么，一种可能性是明确指定Rscript的路径：

sp.check_output(['/your/full/path/to/Rscript','test.R'])

另一种方法是组合你的命令：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

最后，您可以在运行Python脚本之前先运行module load。它设置的环境变量可以一直传播到Python中的R调用。

顺便说一下，可以直接从Python调用R：http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-dev/html/introduction.html

Answer 2

与以下内容完美配合：

    sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

感谢您的回答！

将python子进程与模块加载一起使用

2 个答案: