如何从不同的矩阵中包含p-vlaues并更改corrplot中圆/正方形的大小？

Question

用户，

我有两个相同大小的矩阵“mm”和“mpm”。 “mm”矩阵包含预先计算的spearman's-rho相关值，“mpm”矩阵包含对应于相关值的p值。

> mm[1:5,1:5]
                          X572413     X573110    X358104     X570507
ENSG00000138755        -0.3197926  0.04386737 -0.3789759 -0.33553003
ENSG00000024048        -0.3596203  0.07819836 -0.4008268 -0.50528885
ENSG00000128849         0.2348660 -0.04513889  0.2273856  0.06665028
ENSG00000163827         0.3971051 -0.16466158  0.1864152  0.16520154
ENSG00000154451        -0.2899219 -0.03560250 -0.3721475 -0.36401305
                    X361966
ENSG00000138755 -0.08492661
ENSG00000024048 -0.35552037
ENSG00000128849  0.15638211
ENSG00000163827  0.13412548
ENSG00000154451 -0.10718324

> mpm[1:5,1:5]
                          X572413 X573110 X358104 X570507 X361966
ENSG00000138755             0.161   0.835   0.078   0.132   0.720
ENSG00000024048             0.118   0.705   0.078   0.028   0.114
ENSG00000128849             0.304   0.849   0.324   0.771   0.485
ENSG00000163827             0.086   0.475   0.430   0.494   0.548
ENSG00000154451             0.200   0.881   0.081   0.108   0.646

我希望将“mpm”的p值绘制在单元格上。当我使用以下代码时：

> corrplot(mm, is.corr = FALSE, method = "circle", p.mat = mpm[[1]], insig = "p-value", sig.level=-1)

我得到了这个错误：

Error in ind[, 2] : incorrect number of dimensions

任何人都可以帮我吗？另外，是否可以根据p值改变细胞的大小？提前感谢您的帮助。

Answer 1

您需要将mm和mpm转换为matrix。

library(corrplot)
corrplot(as.matrix(mm), is.corr = FALSE, method = "circle", 
         p.mat = as.matrix(mpm), insig = "p-value", sig.level=-1)