Question

我正在处理一个程序，该程序通过FASTQ文件读取并在此文件中为每个序列提供N个数量。我设法得到每行N的数量，我把它们放在一个列表中。问题是我需要一个列表中的所有数字来总结文件中N的总数，但它们会打印在自己的列表中。

C:\Users\Zokids\Desktop>N_counting.py test.fastq
[4]
4
[3]
3
[5]
5

这是我的输出，列表中的列表和总金额。我已经看到了手动组合列表的方法，但是可以有数百个序列，因此不行。

def Count_N(line):
    '''
    This function takes a line and counts the anmount of N´s in the line
    '''
    List = []
    Count = line.count("N") # Count the amount of N´s that are in the line returned by import_fastq_file
    List.append(int(Count))

    Total = sum(List)
    print(List)
    print(Total)

这就是我所拥有的代码，另一个函数选择行。

我希望有人可以帮助我。提前谢谢。

Answer 1

您在函数中定义的List永远不会获得多个项目，因此它不是很有用。相反，您应该return来自函数的计数，并让调用代码（可能在某种循环中运行）append将值赋予其自己的列表。当然，由于功能不多，你可能只是把它的内容移到循环中了！

例如：

list_of_counts = []
for line in my_file:
    count = line.count("N")
    list_of_counts.append(count)
total = sum(list_of_counts)

Answer 2

每次调用count_N（）时，从代码中查找一行。您声明的列表是本地列表，每次调用该函数时都会重新初始化。您可以使用以下方式声明列表全局：

global List =[]

我认为您还需要在函数外部声明列表以便全局访问它。

如果你在函数之外总计列表会更好。现在你正在总结功能列表。为此，您需要将缩进与函数声明匹配。

如何在python中组合随机数量的列表

2 个答案: