Question

如何在pycharm python文件中导入已编译的cython文件？

这是我的设置。

从我的项目根目录，cython类是“/classes/knn.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so”。我的python文件是“/classes/testing_cython_knn.py”。

我在“/ classes /”...

中有一个“__init __.py”文件

但是，Pycharm无法将“.so”文件识别为可以导入的文件。为了使这个文件可以导入，我需要做什么，所以我可以测试它？

目前，我已经在常规的基于终端的python中成功编译并导入了一个“helloworld.so”文件......但是，我定义的函数是pythonic函数......没有C-stuff。

我的Cythonic文件是：

import numpy as np
cimport numpy as np


from scipy.stats import mode
from scipy.spatial.distance import cdist
from threading import Thread



cdef class KNN:
    cdef public int k
    cdef public str metric
    cdef public np.ndarray trainingX
    cdef public np.ndarray trainingY
    cdef public np.ndarray predict(self,np.ndarray X):
        cdef np.ndarray distances,predicted_classes,sorted_distance_indices

        distances = cdist(X,self.trainingX,metric=self.metric)
        predicted_classes = np.zeros(X.shape[0],dtype=np.float64)
        sorted_distance_indices = np.argpartition(distances,self.k,axis=1)[:,:self.k]
        predicted_classes,_ = mode(self.trainingY[sorted_distance_indices])
        return predicted_classes

和setup.py：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy


extensions = [
    Extension("knn",["cKNN.pyx"]),
    Extension("*",["*.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

setup(ext_modules = cythonize(extensions),include_dirs=[numpy.get_include()])

目前，在使用导入错误导入到运行在终端上的python时失败：

动态模块没有定义模块导出功能（PyInit_knn）

Answer 1

我注意到的第一件事是您正在重命名您的扩展程序。对于Cython，扩展名必须与要编译的文件的名称相对应。那应该解决

动态模块没有定义模块导出功能（PyInit_knn）

其次，你宣布两个扩展，但你只有一个文件（需要Numpy）所以你应该完全删除第一个扩展名（*将处理文件夹中的所有.pyx文件）或删除第二个并将'include_dirs'指令集成到第一个扩展名，因此您应该将扩展名列表更改为：

extensions = [
    Extension("cKNN",["cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

如果您使用--inplace或将.so文件移动到正确的位置，它将被导入。 Pycharm没有任何关系，它完全取决于Cpython，但是，在你的setup.py中，你必须小心正确设置路径。如果项目的文件夹结构如下：

- knnProject (this opens in Pycharm) 
- - knnextension
- - - classes
- - - - __init__.py
- - - - cKNN.pyx
- - - __init__.py (this is required to do module import from /classes)
- - setup.py
- - test.py

您的分机应该说：

extensions = [
        Extension("knnextension/classes/cKNN",["knnextension/classes/cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

共享库文件（.so或.pyd）将在/ classes中显示（通过使用--inplace）。在classes/__init__.py文件中，您可以使用以下内容导入类：

from .cKNN import KNN

然后从test.py：

from knnextension.classes import KNN

检查其他正在运行的cython扩展like my own，看看结构如何（也使用Numpy）。

在Python文件Pycharm中导入Cython类

1 个答案: