EBImage - 荧光显微镜图像分析（脂肪细胞中2-NBD-葡萄糖摄取）

Question

我正在努力与Bioconductor的EBImage合作开发一条管道来分析96孔板中记录的荧光显微镜图像，每张图片约有600个脂肪细胞。该实验比较WT和实验条件对荧光2-NBDG葡萄糖摄取的影响。 我每孔有两个图像：GFP通道（记录荧光）和Hoechst染色（染色所有细胞核进行细胞计数）。 是否有人知道或有任何人以前使用EBImage进行此类分析？我想在每个图像中定义细胞及其轮廓，想要测量所有细胞的荧光强度，并通过每个图像的细胞数进行标准化。 我目前使用ImageJ - 但是在手动调整阈值等方面存在很多的随意性，因此对于标准图像分析具有可检查的R脚本是好的和科学合适的。 在R中完成此任务的任何帮助（也许EBImage不是最好的包）？

非常感谢！ 最好， 克里斯

Answer 1

如果您打算坚持使用R，那么 EBImage 可能是您最好的选择。请查看package vignette和BioC2015 slides，了解该软件包提供的功能的一般概述。对于细胞表型的更具体应用，参见例如HD2013SGI vignette的图像分割和特征提取部分。