从距离矩阵到邻接矩阵

Question

我有一个距离1024x1024的矩阵，所有条件之间的距离都是一样的。我想从那开始定义一个图表。所以我定义了一个最小生成树，并在此计算了邻接矩阵。

我的距离矩阵为distMat。

matrix_of_distances <- as.matrix(distMat)
myGraph <- graph.adjacency(matrix_of_distances, weighted=TRUE)

我的图是包含所有可能弧的图（因为所有两个项之间的距离是有限值）。我需要另一个图表，稀疏：

mst <- as.undirected(minimum.spanning.tree(myGraph))

从稀疏图中我可以用以下方法计算邻接矩阵：

adjacency <- as_adjacency_matrix(mst, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

现在我想以不同方式创建矩阵邻接，传递另一个最小生成树对象。假设我创建了另一个生成树：

spt <- spantree(matrix_of_distances)

如果我这样做：

adjacency <- as_adjacency_matrix(spt, type = c("both", "upper", "lower"), attr = NULL, edges = FALSE, names = TRUE, sparse =igraph_opt("sparsematrices"))

我收到错误：

  

as_adjacency_matrix中的错误（spt，type = c（＆＃34;两者＆＃34;，＆＃34;上＆＃34;，＆＃34;下＆＃34;），   ：不是图表对象

同样，我试图从最小生成树生成邻接矩阵。我怎么解决这个问题？

Answer 1

错误来自于URLUserAllowedCharacterSet()类对象上的使用函数as_adjacency_matrix，当它需要spantree时。

由于您使用的是igraph，因此一个简单的解决方案是使用igraph的函数igraph计算原始“距离图”中的最小生成树。

以下是mst计算最小生成树的方式：

spantree

结果是以下树（require(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) tr <- spantree(dis) ）

：

您只能使用plot(tr, type="t")函数获得相同的结果：

igraph

结果树看起来像这样（library(igraph) g <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE) g_mst <- mst(g) ）：

获得plot(g_mst, vertex.color=NA, vertex.size=10, edge.arrow.size=0.5)树后，您已经知道可以将其转换为函数igraph的邻接矩阵：

as_adjacency_matrix