Question

我有一个交互式工作的模型。但是，每当我尝试使用BehaviorSpace运行它时，我都会遇到各种错误。

该模型使用R扩展名。事件的一般顺序是：

设置：创建网络，为R导入文件以导入并使用R或NetLogo选择一些起始节点
go：从那些起始节点运行传染过程

当我只使用一个处理器时似乎工作，所以我认为R端的并行进程之间存在某种污染（因为每个线程创建和操作具有相同名称的网络）。但是，R-extension文档明确指出它可以与BehaviorSpace一起使用，并为每个NetLogo运行创建一个单独的R环境。

错误包括：

'ReadBin中的错误...：只能从二进制连接中读取
'isOpen（文件名）出错：连接无效'

这些错误仅在几次运行中发生，并且具有各种参数组合。具有相同参数组合的其他运行没有错误。

我是否可以访问可以打印到的BehaviorSpace的某种输出日志，以尝试找出问题？理想情况下，我想暂停实验并查看变量的内容等。

更新：以下是典型错误的错误日志：

扩展异常：R-Extension中的错误：Eval中的错误：   org.nlogo.api.ExtensionException：readBin中的错误（filename，what =   raw（0），n = tmpbufsize）：只能读取二进制连接
     运行R：EVAL的观察者在程序EXPORT-NW2R调用时出现
错误   由程序__EVALUATOR
调用的过程SETUP调用
org.nlogo.nvm.EngineException：扩展异常：错误   R-Extension：Eval中的错误：org.nlogo.api.ExtensionException：错误   在readBin中（filename，what = raw（0），n = tmpbufsize）：只能读取   来自二进制连接

at org.nlogo.extension.r.Entry $ Eval.perform（Entry.java:560）at at   org.nlogo.prim._extern.perform（_extern.java:54）at   org.nlogo.nvm.Context.stepConcurrent（Context.java:91）at   org.nlogo.nvm.ConcurrentJob.step（ConcurrentJob.java:82）at   org.nlogo.job.JobThread.org $ nlogo $工作$ JobThread $$ runPrimaryJobs（JobThread.scala：143）   在   org.nlogo.job.JobThread $$ anonfun $运行$ 1.适用$ MCV $ SP（JobThread.scala：78）   在org.nlogo.job.JobThread $$ anonfun $ run $ 1.apply（JobThread.scala：76）   在org.nlogo.job.JobThread $$ anonfun $ run $ 1.apply（JobThread.scala：76）   在scala.util.control.Exception $ Catch.apply（Exception.scala：88）at   org.nlogo.util.Exceptions $ .handling（Exceptions.scala：41）at   org.nlogo.job.JobThread.run（JobThread.scala：75）

NetLogo 5.3 main：org.nlogo.app.AppFrame线程：JobThread Java   HotSpot（TM）64位服务器VM 1.8.0_65（Oracle Corporation;   1.8.0_65-b17）操作系统：Windows 8.1 6.3（amd64处理器）Scala版本2.9.2 JOGL :( 3D视图未初始化）OpenGL图形：   （3D视图未初始化）模型：干预

03：41：43.172 JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread 03：41：43.172   JobRemovedEvent（org.nlogo.app.App $$ anon $ 1   （org.nlogo.window.GUIWorkspace））JobThread

export-nw2r过程如下所示：

to export-nw2r
  ; create file with useful graph format
  nw:set-context people links
  let filename (word "Networks/netlogo" behaviorspace-run-number ".gml")
  export-simple-gml filename

  ;; reset the R-workspace
  r:clearLocal
  let dir pathdir:get-model
  r:eval "library(igraph)"

  ; read network in R
  set filename (word dir "/" filename)
  r:put "fn" filename
  r:eval "gg <- read_graph(file = fn, format = 'gml')"
  r:eval "V(gg)$name <- V(gg)$id"          ; gml uses 'id', but igraph uses 'name'
  r:eval "if (file.exists(fn)) file.remove(fn)"
end

基本上，它调用一个程序来创建一个非常简化的gml格式文本文件（因为igraph有一个残缺的导入程序），切换到R并清除R工作区，导入图形并计算属性。

我已经将我的代码的当前版本作为单个处理器行为进行了大约10次没有失败的行为，并且每次都有4次失败。因此，BehaviorSpace和R-extension的交互方式似乎存在错误。在此留下这些信息，但除非有人能解释java错误，否则我真的不希望有解决方案。似乎与NetLogo BehaviorSpace crashing when using R extension

如何调试NetLogo BehaviorSpace / R-extension错误？

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